長期以來，人們一直推測，有一個自閉症的症狀特點黑社會的遺傳，認知和神經層面的共同事業。複雜性由於多個基因，環境，不改變 DNA的表觀遺傳因素之間的相互作用，但遺傳和影響基因表達。一對雙胞胎的研究表明，遺傳是自閉症和更廣泛的自閉症表型0.9 0.7，和那些有自閉症的兄弟姐妹是約 25倍，更可能是自閉症患者比一般人群。因此，相當一部分的自閉症病例可溯源到高度遺傳的，但不能繼承的遺傳原因：那就是，突變導致自閉症是在父母的基因組不存在。
破壞一些突觸的途徑，如參與細胞粘附，一些罕見的基因突變可能會導致自閉症。在小鼠基因置換研究表明，自閉症的症狀有密切的關係後來的發展步驟，取決於突觸活動和活動依賴性變化。所有已知的致畸導致出生缺陷（代理人）有關自閉症的風險似乎從受孕前8週，雖然這並不排除自閉症可以發起或影響以後的可能性，它是有力的證據，自閉症產生非常早期開發。雖然其他環境原因的證據是傳聞，並沒有得到可靠的研究證實，已聲稱作出貢獻或加劇自閉症的，或者可能會在今後的研究中的重要的環境因素，包括某些食物，傳染性疾病，重金屬，溶劑，柴油車尾氣，多氯聯苯，塑料製品，殺蟲劑，溴化阻燃劑，酗酒，吸煙，非法藥物，疫苗中使用的鄰苯二甲酸鹽和酚類，家長可先了解在他們的孩子成為自閉症症狀，解決了常規免疫接種的時間，而這上升到理論，疫苗或他們的防腐劑會導致自閉症。儘管這些理論缺乏令人信服的科學證據，並導致生物不可信，有關自閉症的家長關注的兒童免疫接種和麻疹暴發的可能性較高率較低。
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