一个人的性似乎也在自身免疫的发展有一定作用。近 23.5 万美国人患自身免疫性疾病的 75%是女性，虽然它不太经常承认数以百万计的男子也患有这些疾病。根据美国自身免疫性相关疾病协会 （AARDA），在男性中发展的自身免疫性疾病往往更为严重。一些自身免疫性疾病的男人就像或更有可能发展为妇女，包括： 强直性脊柱炎，键入 1 糖尿病、 韦格纳肉芽肿病、 克罗恩病和银屑病。在自身免疫的性别角色的原因尚不清楚。除了固有的遗传易感性，几个动物模型建议性类固醇激素的作用。
它还建议轻微交流的单元格之间的母亲和子女在怀孕期间可能诱发自身免疫。这会提示的性别平衡女性的方向。
另一种理论认为获得自身免疫的女性高趋势是由于不平衡 X 染色体失活。X 灭活倾斜的理论，提出的普林斯顿大学的杰夫 · 斯图尔特，最近已在硬皮病及自身免疫性甲状腺炎实验证实。
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