Dalam situasi epidemi diagnosis klinis dibuat dengan mengambil riwayat gejala dari pasien dan dengan pemeriksaan singkat saja. Pengobatan biasanya dimulai tanpa atau sebelum konfirmasi dengan analisis laboratorium spesimen.
Tinja dan usap sampel yang dikumpulkan pada tahap akut penyakit ini, sebelum antibiotik telah diberikan, adalah spesimen yang paling berguna untuk diagnosis laboratorium. Jika epidemi kolera diduga, agen penyebab yang paling umum adalah''Vibrio cholerae O1''. Jika''V. cholera O1''serogrup tidak terisolasi, laboratorium harus tes untuk''V. cholera O139''. Namun, jika tidak satu pun dari organisme ini terisolasi, perlu untuk mengirim spesimen tinja ke laboratorium referensi.
Infeksi dengan''V. cholerae O139''harus dilaporkan dan ditangani dengan cara yang sama seperti yang disebabkan oleh V.'' cholera O1''. Penyakit diare terkait harus dirujuk sebagai kolera dan harus dilaporkan sebagai kasus kolera kepada pihak berwenang kesehatan masyarakat yang sesuai. Beberapa bakteri yang bertahan hidup menghemat energi dan nutrisi yang tersimpan selama perjalanan melalui perut dengan menutup produksi protein banyak. Ketika bakteri yang masih hidup keluar dari lambung dan mencapai usus kecil, mereka perlu mendorong diri mereka melalui lendir tebal yang melapisi usus kecil untuk sampai ke dinding usus mana mereka dapat berkembang. V.'' cholerae''bakteri memulai produksi protein silinder berongga flagellin untuk membuat flagela, yang keriting seperti cambuk ekor yang mereka berputar untuk mendorong diri mereka sendiri melalui lendir yang melapisi usus kecil.
Setelah bakteri kolera mencapai dinding usus, mereka tidak perlu baling-baling flagela untuk pindah lagi. Bakteri berhenti memproduksi protein flagellin, energi lagi sehingga melestarikan dan nutrisi dengan mengubah campuran protein yang mereka memproduksi dalam menanggapi lingkungan kimia berubah. Saat mencapai dinding usus,''V. cholerae''mulai memproduksi protein beracun yang memberi orang yang terinfeksi diare berair. Ini membawa generasi baru mengalikan''V. cholerae''bakteri keluar ke dalam air minum berikutnya host jika langkah-langkah sanitasi yang tepat tidak pada tempatnya.
Mikrobiologi telah mempelajari mekanisme genetik dimana''V. cholerae''bakteri mematikan produksi beberapa protein dan menghidupkan produksi protein lain sebagai respon mereka terhadap serangkaian lingkungan kimia yang mereka hadapi, melewati perut, melalui lapisan mukosa dari usus kecil, dan masuk ke usus dinding. Kepentingan tertentu telah menjadi mekanisme genetik dengan bakteri kolera yang menghidupkan produksi protein dari racun yang berinteraksi dengan mekanisme sel inang untuk memompa ion klorida ke dalam usus kecil, menciptakan tekanan ionik yang mencegah ion natrium memasuki sel. Klorida dan ion natrium menciptakan lingkungan air garam di usus kecil yang melalui osmosis dapat menarik hingga enam liter air per hari melalui sel-sel usus menciptakan sejumlah besar diare. Tuan rumah dapat menjadi cepat dehidrasi jika campuran yang tepat dari air garam encer dan gula tidak diambil untuk menggantikan air dan garam darah yang hilang selama diare.
Dengan memasukkan terpisah, bagian berturut-turut''V. cholerae''DNA ke dalam DNA bakteri lain seperti E.'' ''coli yang tidak akan secara alami menghasilkan racun protein, peneliti telah meneliti mekanisme yang''V. cholerae''merespon perubahan lingkungan kimia dari lambung, lapisan mukosa, dan dinding usus. Para peneliti telah menemukan bahwa ada kaskade kompleks protein regulator yang mengontrol ekspresi''V. cholerae''penentu virulensi. Dalam menanggapi lingkungan kimia di dinding usus,''V. cholerae''bakteri menghasilkan TcpP / TcpH protein, yang bersama-sama dengan ToxR / ToxS protein, mengaktifkan ekspresi protein regulator ToxT. ToxT kemudian langsung mengaktifkan ekspresi gen virulensi yang menghasilkan racun yang menyebabkan diare pada orang yang terinfeksi dan yang memungkinkan bakteri untuk menjajah usus. Penelitian saat ini bertujuan untuk menemukan "sinyal yang membuat bakteri kolera berhenti berenang dan mulai menjajah (yaitu, mematuhi sel-sel) usus kecil." Wabah kolera diperpanjang sejauh Cina, Indonesia (di mana lebih dari 100.000 orang meninggal di pulau Jawa saja) dan Laut Kaspia sebelum surut. Kematian di India antara 1817 dan 1860 diperkirakan telah melebihi 15 juta orang. Lain 23 juta meninggal antara 1865 dan 1917. Rusia kematian selama periode waktu yang sama melebihi 2 juta.