選擇一個名稱為 CFS 極具挑戰，因為缺乏共識內的臨床、 科研、 和病人社區對其定義的特徵和原因。不同的機構，疾病，中樞神經系統、 代謝、 傳染性或感染、 心血管、 免疫系統或精神障礙，查看 CFS 和還考慮並不是單一的同構障礙的可能性。
隨著時間的推移，和在不同的國家很多名字已與條件相關聯。除了 CFS，使用一些其他名稱包括阿庫雷裡病、 良性肌性腦脊髓炎、 慢性疲勞免疫功能障礙綜合征、 慢性傳染性單核細胞增多、 流行肌性腦脊髓炎、 流行的 neuromyasthenia、 冰島疾病、 肌性腦脊髓炎、 肌腦炎、 腦肌病、 post-viral 疲勞綜合征、 中縫核腦病、 皇家自由疾病、 塔帕努伊流感和雅痞流感 （現在考慮貶義）。許多患者寧願一個不同的名稱，如腦脊髓"肌炎"，相信 trivializes 名稱"慢性疲勞綜合征"的條件，防止它被看作是一個嚴重的健康問題，並不利於研究。1999 年審查解釋皇家醫學院的醫生、 精神病學家，和普通科醫生在 1996 年宣導慢性疲勞綜合征的肌性腦脊髓炎或 ME，被廣泛地應用在英國，"因為有了，到目前為止，沒有公認的病理學在肌肉和中樞神經系統是暗示我一詞"而不是使用 1996 年報告收到一些人接受但也嚴厲批評病人意見已被排除。2002 年，柳葉刀評論注意到最近發佈的報告"CFS 工作組 / 我"用折衷名稱 CFS / 我說，"這一事實使用了兩種疾病的名稱象徵尊重不同觀點雖然承認繼續缺乏一個普遍接受的名稱一致。"
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