Den eksakte årsaken til Crohns sykdom er fortsatt ukjent, men flere og flere detaljer dukker opp og har blitt klart at samspillet mellom miljøfaktorer og i en genetisk disponert vert antenner sykdom. Den genetiske risikofaktorer har nå mer eller mindre blitt grundig utredet, slik at Crohns sykdom de første genetisk kompleks sykdom som den genetiske bakgrunnen er løst .. Den relative risikoen for sykdommen når man har en mutasjon i ett av risiko gener, men er faktisk veldig lav (ca 1:200). Stort sett de genetiske dataene tyder på at medfødt immunforsvar hos pasienter med Crohns sykdom feilfunksjon, og direkte vurdering av pasientens immunitet bekrefter denne forestillingen .. Dette hadde ført til forestillingen om at Crohns sykdom bør sees på som medfødt immunsvikt, kronisk betennelse være forårsaket av adaptiv immunitet prøver å kompensere for nedsatt funksjon av det medfødte immunsystemet.
Genetikk
Noen undersøkelser har indikert at Crohns sykdom kan ha en genetisk link. Sykdommen går i familier og de med et søsken med sykdommen er 30 ganger mer sannsynlig å utvikle det enn den vanlige befolkningen. Etnisk bakgrunn er også en risikofaktor.
Mutasjoner i CARD15 genet (også kjent som NOD2 genet) er assosiert med Crohns sykdom og med følsomhet for visse fenotyper av sykdom plassering og aktivitet. I tidligere studier, var det bare to gener knyttet til Crohns, men forskerne mener nå at det er over tretti gener som viser genetikk spiller en rolle i sykdommen, enten direkte gjennom årsakssammenheng eller indirekte som en mellommann variabel. Anomalier i XBP1 genet har nylig blitt identifisert som en faktor, som peker mot en rolle for den utfoldet protein responsen pathway av endoplasmatic retikulum i inflammatoriske tarmsykdommer.
Miljøfaktorer
Diet antas å være knyttet til dens høyere forekomst i industrialiserte deler av verden. Røyking har vist seg å øke risikoen for avkastningen på aktiv sykdom, eller "flares".
Innføringen av hormonell prevensjon i USA i 1960 er knyttet til en dramatisk økning i forekomsten av Crohns sykdom. Selv om en kausal sammenheng ikke har vært effektivt vist, er det fortsatt frykt for at disse stoffene virker på fordøyelsessystemet på måter ligner til røyking.
Immunsystem
Avvik i immunsystemet har ofte blitt påberopt som årsak til Crohns sykdom. Crohns sykdom er tenkt å være en autoimmun sykdom, med betennelse stimulert av et overaktivt T h 1 cytokin respons. Imidlertid har nyere bevis vist at T h 17 er av større betydning i sykdommen. Den siste genet å være innblandet i Crohns sykdom er ATG16L1, som kan indusere autophagy og hindrer kroppens evne til å angripe invaderende bakterier.
I motsetning til den rådende oppfatning at Crohns sykdom er en primær T celle autoimmune lidelser, det er en økende mengde bevis i favør av hypotesen om at Crohns sykdom resultater fra en svekket medfødt immunitet. Den immunsvikt, som har vist seg å skyldes (i hvert fall delvis) nedsatt cytokin sekresjon av makrofager, antas å føre til en vedvarende mikrobiell-indusert inflammatorisk respons, spesielt i tykktarmen hvor den bakterielle belastningen er spesielt høy.
Mikrober
En rekke sykdomsfremkallende bakterier i utgangspunktet var mistenkt for å være utløsende agenter for Crohns sykdom. Men de fleste helsepersonell tror nå at en rekke mikroorganismer er å dra nytte av deres vertens svekket mucosal lag og manglende evne til å fjerne bakterier fra intestinal vegger, både symptomer på sykdommen. Noen studier har antydet at''Mycobacterium avium''subsp. ''Paratuberkulose''spiller en rolle i Crohns sykdom, delvis fordi det fører til en svært lik sykdom, Johne sykdom, hos storfe. Den mannose bærende antigener (mannins) fra gjær kan også framprovosere en antistoffrespons. Andre studier har knyttet spesielle stammer av enteroadherent''E. coli''til sykdommen. Likevel er dette forholdet mellom bestemte typer bakterier og Crohns sykdom uklar.