克羅恩病可以導致一些機械性並發症的腸道內，包括梗阻，瘻管和膿腫。梗阻，通常會出現這狹窄的管腔狹窄或粘連，阻塞的腸內容物通過。瘺可以開發兩腸管之間，腸道和膀胱之間，腸道和陰道之間，腸道和皮膚之間。膿腫壁關的集合感染，它可以發生在腹部或在克羅恩病的患者的肛門周圍。
克羅恩病也增加了患癌症的風險，在炎症的領域。例如，涉及小腸克羅恩病的個體小腸癌的風險較高。同樣，克羅恩結腸炎的人有一個相對風險 5.6發展結腸癌。任何人有至少8年克羅恩結腸炎與結腸鏡檢查結腸癌症篩查建議。一些研究表明，有在大腸癌的預防作用chimioprotection克羅恩涉及結腸;已經提出了兩個代理，葉酸，美沙拉嗪的籌備工作。
個人與克羅恩病是營養不良的原因很多，包括減少食物的攝入和吸收不良的風險。風險增大以下的小腸切除術。這樣的人可能需要口服補充，以增加他們的熱量攝入，或在嚴重的情況下，全腸外營養（TPN）。中度或重度克羅恩病的大多數人都提到一個營養師在營養援助。
克羅恩病可以導致顯著的並發症包括腸梗阻，膿腫，免費穿孔和出血。
克羅恩病可以在懷孕期間的問題，有些藥物可引起不良後果的，對胎兒或母親。諮詢產科醫生和克羅恩病和所有藥物的胃腸病允許應採取的預防措施。在某些情況下，在懷孕期間可能會出現緩解。某些藥物也可影響精子的數量，否則可能會產生不利影響一個人的受孕能力
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