克罗恩病的诊断有时会很困难，在内镜诊断艾滋病。
内窥镜
结肠镜检查是最好的测试使克罗恩病的诊断，因为它允许直接可视化的冒号和回肠末端，确定疾病参与的模式。有时，结肠镜可旅游过去的回肠末端，但是它不同的患者。在过程中，gastroenterologist 还可以执行进行活组织检查，以小样本的化验分析，可帮助诊断确认的组织。克罗恩病的 30%涉及只回肠，
放射学测试
小肠跟进可能建议克罗恩病的诊断和疾病涉及只小肠时很有用。结肠镜检查和胃镜检查允许直接可视化的只有末端回肠和十二指肠的开始，因为它们不能用于评估小肠的其余部分。因此，钡跟进 x 射线，其中硫酸钡悬浮摄入和肠的透视图像都随着时间的推移，可用于寻找炎症和小肠的缩小。钡灌肠，其中钡插入直肠与透视用于图像肠，很少使用在结肠镜检查的到来克罗恩病的工作。他们仍然用于标识解剖异常，太小的结肠镜通过，或在检测中结肠瘘的结肠狭窄时很有用。
CT 和 MRI 扫描可用于评估小肠灌肠协议。他们另外可用于寻找腹腔脓肿、 肠梗阻、 或瘘等克罗恩病并发症。磁共振成像 （MRI） 是成像小肠，以及查找的并发症，虽然更昂贵，更不是现成的另一个选项
血液测试
全血记数可能会泄漏贫血，就会导致由血液损失或维生素 B 缺乏症。后者可能会看到与回肠炎因为回肠吸收维生素 B。血沉或电子自旋共振，和 C-反应蛋白测量也可用于衡量炎症程度。它也是如此患者用 ilectomy 做并发症的回应。贫血的另一个原因是慢性疾病，特点是其小细胞贫血和变色贫血。可以有贫血，包括药物用于治疗炎症性肠病像硫唑嘌呤的可以导致全血细胞减少和柳氮磺胺吡啶的也会导致叶酸吸收不良等各种原因。抗酵母抗体 （会计师） 和抗中性粒细胞胞质抗体测试 （ANCA) 进行评估以确定的肠道炎症疾病，克罗恩病的区别溃疡性结肠炎。此外，增加数量及执业会计师，抗 laminaribioside 阿尔卡，抗-chitobioside （GlcNAc(β1,4)GlcNAc(β) ； 如血清学抗体水平ACCA]，抗-mannobioside anti-Laminarin [n Glc(β1,3))3n(Glc(β1,6)） ；抗-L 和 anti-Chitin 的抗 C 与疾病行为和外科关联，并可帮助克罗恩病的预后。
溃疡性结肠炎的比较
最常见的疾病，模仿克罗恩病的症状是溃疡性结肠炎，都可以影响到类似的症状与结肠炎症性肠病。务必要区分这些疾病，自疾病的过程和处理可能会不同。在某些情况下，但是，它不可能的区别，于这种疾病个案被列为不定结肠炎。
参与共同很少胆汁在肛门附近管参与率的原发性硬化性胆管炎高率的疾病零散分布区域的炎症 （跳过病变) 连续区域的炎症缓解是可能的可以防止复发和症状控制与药物，生活方式的改变的情况下，在某些情况下，手术没有增加。充分控制，克罗恩病可能不会大大限制日常生活。克罗恩病治疗是仅当症状是积极的涉及先治疗尖锐的问题，然后保持减免。
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