克羅恩病的診斷有時可以是具有挑戰性的，在內鏡診斷艾滋病。
內窺鏡
結腸鏡檢查是最好的測試克羅恩病的診斷，因為它可以直接可視化的結腸和迴腸末端，確定疾病參與的格局。有時，結腸鏡可以旅行過去迴腸末端，但不同病人之間。在實驗過程中，腸胃病也可以進行活檢，小的組織樣本進行化驗分析，這可能有助於確認診斷。由於只涉及30％的克羅恩病迴腸，
放射學測試
一個後續的小腸可能會建議克羅恩病的診斷和發病時只涉及小腸是有用的。由於結腸鏡檢查和胃鏡直視允許只有末端迴腸和十二指腸開始，他們不能被用來評價剩餘小腸。因此，鋇通過 X射線，其中硫酸鋇混懸液腸道攝入和透視拍攝的圖像隨著時間的推移，尋找小腸炎症和縮小。由於克羅恩病的結腸鏡檢查的來臨工作在其中插入直腸和透視圖像腸道鋇，鋇灌腸，很少使用。他們仍然有助於確定解剖異常，結腸狹窄太小了結腸鏡通過，或者在檢測結腸瘺。
CT和MRI掃描評估小腸灌腸 protocols.They有用的，是為克羅恩病，如膿腫，腸梗阻，或瘺腹腔內的並發症，此外有用。磁共振成像（MRI）成像小腸以及並發症的另一種選擇，雖然它是更昂貴和缺乏現成的
驗血
一個完整的血球計數，可能會透露，這可能是失血或維生素 B缺乏引起的貧血。後者可能會看到與回腸炎，因為維生素 B是在迴腸吸收。血沉，血沉，C -反應蛋白的測量，也可以是有用的，以了解炎症的程度。這也是事實，在病人的並發症做ilectomy。貧血的另一個原因是慢性疾病，特點的小細胞低色素性貧血，貧血。可以有各種原因的貧血，包括如硫唑嘌呤可導致血細胞減少和柳氮磺胺吡啶，這也導致葉酸吸收不良的腸道炎症性疾病的治療中使用的藥物，等反''Saccharomyces酵母“抗體測試（ASCA）和抗中性粒細胞胞漿抗體（ANCA）進行了評估，以確定腸道炎症性疾病，潰瘍性結腸炎，以區別於克羅恩病。此外，增加金額和ASCA，抗laminaribioside ALCA，反chitobioside如血清抗體水平（葡萄糖（β1，4）葡萄糖（β），特許公認會計師公會]，mannobioside抗反海帶 [GLC（β1，3）） 3N（GLC（β1，6））N;抗- L和反甲殼素抗C疾病和手術行為的關聯，並可能有助於在克羅恩病的預後。
潰瘍性結腸炎的比較
最常見的疾病，模仿克羅恩病的症狀是潰瘍性結腸炎，因為二者都是腸道炎症性疾病，可以影響類似症狀的結腸癌。重要的是要區分，因為這些疾病的疾病和治療過程中可能會有所不同。然而，在某些情況 下，它可能不能可以看出其中的差別，在這種情況下，疾病分類不確定結腸炎 。
各地常見的肛門很少膽管參與原發性硬化性膽管炎炎症疾病斑片狀領域（跳過病變）炎症的緩解是有可能的情況下連續面積率分佈率沒有增加的參與，可以防止復發和藥物控制症狀生活方式的改變，在某些情況下，手術治療。適當的控制，克羅恩病可能不會顯著限制日常生活。克羅恩病的治療方法是，只有當症狀是活動的，涉及到第一治療尖銳的問題，然後維持緩解。