Veel mensen met de ziekte van Crohn hebben symptomen jaar voorafgaand aan de diagnose. De gebruikelijke aanvang is tussen de 15 en 30 jaar oud, maar kan op elke leeftijd voorkomen. Door de 'fragmentarische' aard van de gastro-intestinale ziekte en de diepte van weefsel betrokkenheid, kunnen de eerste symptomen worden vager dan bij colitis ulcerosa. Mensen met de ziekte van Crohn gaat door perioden van de flare-ups en remissie.
Maag-darmklachten
Buikpijn kan het eerste symptoom van de ziekte van Crohn worden. Het gaat vaak gepaard met diarree, vooral bij degenen die hebben geopereerd. De diarree kan al dan niet bloederig. Mensen die geopereerd of meerdere operaties vaak eindigen met een korte darm syndroom van het maag-darmkanaal. De aard van de diarree bij de ziekte van Crohn is afhankelijk van het deel van de dunne darm of dikke darm die betrokken is. Ileïtis resulteert doorgaans in een groot volume waterig ontlasting. Colitis kan resulteren in een kleiner volume van de ontlasting van de hogere frequentie. Fecale consistentie kan variëren van vast naar waterig. In ernstige gevallen kan een persoon meer dan 20 ontlasting per dag en het kan nodig zijn om 's nachts wakker te ontlasten. Zichtbaar bloeden in de ontlasting komt minder vaak voor bij de ziekte van Crohn dan bij colitis ulcerosa, maar kan gezien worden in de setting van colitis van Crohn. De ziekte van Crohn kan ook worden geassocieerd met primaire scleroserende cholangitis, een soort van ontsteking van de galwegen.
Perianale ongemak kan ook prominent aanwezig zijn in de ziekte van Crohn. Jeuk of pijn rond de anus kunnen duiden op een ontsteking, fistulization of abces rond het anale gebied fecale incontinentie kan peri-anale ziekte van Crohn te begeleiden. Aan de andere kant van het maag-darmkanaal, mag de mond worden beïnvloed door niet-genezende wondjes (aften). Zelden kan de slokdarm, maag en worden betrokken bij de ziekte van Crohn. Deze kunnen leiden tot symptomen zoals moeite met slikken (dysfagie), pijn in de bovenbuik, en braken.
Systemische symptomen
De ziekte van Crohn, net als veel andere chronische, inflammatoire ziekten, kan leiden tot een scala aan systemische symptomen. Koorts kunnen ook aanwezig zijn, maar koorts hoger dan 38,5 ˚ C (101,3 ˚ F) komen niet vaak voor, tenzij er een complicatie zoals een abces mensen met een uitgebreide dunne darm ziekte kan ook een malabsorptie van koolhydraten of vetten, die nog verder kunnen verergeren gewichtsverlies .
Extraintestinal symptomen
In aanvulling op systemische en gastro-intestinale betrokkenheid, kan de ziekte van Crohn invloed op vele andere orgaansystemen. Ontsteking van het interieur deel van het oog, die bekend staat als uveïtis, kan leiden tot pijn aan de ogen, vooral bij blootstelling aan licht (fotofobie). Ontsteking kan ook gaan om het witte deel van het oog (sclera), een aandoening, de zogenaamde episcleritis. Zowel episcleritis en uveïtis kan leiden tot verlies van het gezichtsvermogen, indien onbehandeld.
De ziekte van Crohn is geassocieerd met een soort van reumatologische ziekte bekend als seronegatieve spondyloarthropathie. Deze groep van ziekten wordt gekenmerkt door ontsteking van een of meer gewrichten (artritis) of spier inserties (enthesitis). De artritis kan invloed hebben op grotere gewrichten zoals de knie of schouder of kan uitsluitend betrekking hebben op de kleine gewrichten van de handen en voeten. De artritis kan ook betrekking hebben op de wervelkolom, wat leidt tot de ziekte van Bechterew als de gehele wervelkolom is betrokken of gewoon sacroiliitis als alleen de onderrug betrokken is. De symptomen van artritis zijn onder andere pijnlijke, warme, gezwollen, stijve gewrichten en verlies van beweeglijkheid van het gewricht of functie.
De ziekte van Crohn kan ook betrekking hebben op de huid, bloed en endocriene systeem. Een type van de huid manifestatie, erythema nodosum, presenteert als rode bultjes meestal verschijnen op de schenen. Erythema nodosum is het gevolg van ontsteking van het onderliggende onderhuids weefsel en wordt gekenmerkt door septal panniculitis. Een ander huidletsel, pyoderma gangrenosum, is meestal een pijnlijke zweren knobbeltje. De ziekte van Crohn verhoogt ook het risico van bloedstolsels, pijnlijke zwelling van de onderbenen kan een teken van diepe veneuze trombose, terwijl ademhalingsproblemen kan een gevolg van een longembolie zijn. Auto-immune hemolytische anemie, een aandoening waarbij het immuunsysteem de rode bloedcellen, is het ook vaker voor bij de ziekte van Crohn en kan leiden tot vermoeidheid, bleekheid, en andere symptomen vaak voor bij bloedarmoede. Clubbing, een misvorming van de uiteinden van de vingers, kan ook een gevolg van de ziekte van Crohn. Tot slot kan de ziekte van Crohn veroorzaken osteoporose, of dunner worden van de botten. Personen met osteoporose hebben een verhoogd risico op botbreuken.
De ziekte van Crohn kan ook leiden tot neurologische complicaties (naar verluidt in maximaal 15% van de patiënten). De meest voorkomende hiervan zijn aanvallen, beroerte, myopathie, perifere neuropathie, hoofdpijn en depressie.