克罗恩病是一种慢性疾病，其中有目前无药可治。它的特点是发作症状耀斑时遵循的改善期间。配合治疗，大多数人实现健康的身高和体重，并为疾病的死亡率是比较低的。然而，克罗恩病与小肠和大肠癌，包括肠癌的风险增加。
药物
急性治疗使用的药物来治疗任何感染（通常是抗生素），减轻炎症反应（通常氨基水杨酸消炎药和皮质类固醇）。当在缓解症状，治疗进入维护，避免症状复发的目标。长期使用糖皮质激素具有显着的副作用，因此他们一般不用于长期治疗。替代品仅包括氨基水杨酸，虽然只有少数人能够维持治疗，和很多需要免疫抑制药物，certolizumab和单抗。克罗恩病的严重袭击，应采用氢化可的松。
生活方式的改变
某些生活方式的改变可以减轻症状，包括调整饮食，适当的水分和戒烟。吃小餐频繁，而不是大餐，还可以帮助食欲低。为了控制症状，有一个均衡的饮食与适当的部分控制。经常锻炼，健康的饮食和充足的睡眠可以帮助疲劳。食物日记可以帮助识别触发症状的食物。有些患者应遵循低纤维饮食，控制症状，特别是如果fiberous食物引起的症状。由于一个狭窄阻塞患者，两种治疗方案strictureplasty，部分肠切除。有没有strictureplasty单独与strictureplasty在十二指肠球部参与的情况下切除术统计学意义。在这种情况下，再次手术率分别为31％和27％，分别为，表明strictureplasty是十二指肠参与患者安全有效的治疗。
可引起短肠综合征（SBS，也短肠综合征或单纯的短肠）小肠切除手术。它通常的发展，如果一个人有一半或删除其小肠。腹泻等症状虽然短肠综合征的主要症状包括腹部绞痛，腹胀和胃灼热。短肠综合征的治疗与饮食习惯的改变，静脉营养，维生素和矿物质补充剂与药物治疗。另克罗恩病回肠末端已被删除，手术后的并发症是过度的水泻的发展。这是由于回肠末端切除后无法再吸收胆汁酸。
在某些情况下的SBS，可能会考虑小肠移植手术，虽然移植中心提供此过程的数量是相当小的，它具有高风险，由于感染和排斥移植小肠的机会。
准治疗
伦敦大学学院的研究人员质疑，抑制了在克罗恩免疫系统的智慧，作为这个问题可能是一个，而不是一个过度活跃的免疫系统下，积极：他们的研究中，克罗恩病患显示一个异常低响应一个引入感染在伤口上的血液流通不畅，并改善时，患者均给予枸橼酸西地那非的反应显着。
使用蠕虫的治疗或钩虫治疗克罗恩病和其他（非病毒）自体免疫疾病的最新研究似乎取得可喜的成果。
补充和替代医学
超过一半克罗恩病的患者曾试图的补充或替代疗法。这些措施包括饮食，益生菌，鱼油和其他草药和营养补充剂。这些药物的好处是不确定的。