克羅恩病是一種慢性疾病，其中有目前無藥可治。它的特點是發作症狀耀斑時遵循的改善期間。配合治療，大多數人實現了健康的身高和體重，並為疾病的死亡率相對較低。然而，克羅恩病與小腸和大腸癌，包括腸癌的風險增加。
藥物
急性治療使用的藥物來治療任何感染（通常是抗生素），並減輕炎症反應（通常氨基水楊酸消炎藥和皮質類固醇）。當在緩解症狀，治療進入維護避免症狀復發的目的。長期使用皮質類固醇激素具有顯著的副作用，因此他們一般都不會用於長期治療。替代品僅包括氨基水楊酸，雖然只有少數人能夠維持治療，很多需要免疫抑制藥物，certolizumab和單抗。克羅恩病的嚴重襲擊，應使用氫化可的松。
生活方式的改變
某些生活方式的改變可以減輕症狀，包括調整飲食，適當的水分和戒菸。吃小餐頻繁，而不是大餐，還可以幫助食慾低。為了控制症狀有一個適當的部分控制的均衡飲食。定期運動，健康的飲食和充足的睡眠可以幫助疲勞。可以幫助確定觸發症狀的食物，食物日記。有些患者應遵循低纖維飲食，控制症狀，尤其如果fiberous食物引起的症狀。由於一個狹窄阻塞患者，兩種治療方案strictureplasty，部分腸切除。有統計意義之間沒有 strictureplasty單獨與 strictureplasty在十二指腸參與的情況下切除。在這種情況下，再次手術率分別為 31％和27％，分別為，表明strictureplasty是與十二指腸球部參與入選患者的安全和有效的治療方法。
可造成短腸綜合徵（SBS，也短腸綜合徵或單純的短腸）小腸切除手術。它通常的發展，如果一個人有一半或刪除其小腸。腹瀉是雖然短腸綜合症等症狀的主要症狀可能包括腹部絞痛，腹脹，胃灼熱。短腸綜合徵的治療與飲食習慣的改變，靜脈營養，維生素和礦物質補充劑與藥物治療。另一個克羅恩病迴腸末端已被刪除，手術後的並發症，是過多的水樣腹瀉的發展。這是由於無法迴腸末端切除術後膽汁酸的重吸收。
在某些情況下的SBS，可能會考慮小腸移植手術;雖然移植中心提供此過程的數量是相當小的，它具有很高的風險，由於感染和排斥反應的移植小腸的機會。
準治療
倫敦大學學院的研究人員質疑，抑制了在克羅恩免疫系統的智慧，作為這個問題可能是一個，而不是一個過度活躍的免疫系統之下，活躍：他們的研究中，節段性回腸炎患者表現出一個異常低響應一個引入感染在傷口上的血液流通不暢，以及改善時，患者均給予枸櫞酸西地那非的反應顯著。
使用蠕蟲的治療或鉤蟲治療克羅恩病和其他（非病毒）自體免疫疾病的最新研究似乎取得可喜的成果。
補充和替代醫學
超過一半克羅恩病的患者曾試圖的補充或替代療法。這些措施包括飲食，益生菌，魚油和其他草藥和營養補充劑。這些藥物的好處是不確定的。
- 針灸是用來治療炎症性腸道疾病，在中國和在西方社會中正在使用的更頻繁。然而，有什麼證據表明，針灸已經超出了安慰劑效應的好處，提高生活質量，普遍福祉和血液綁定的炎症標誌物的小幅下降。
- 甲硝唑和環丙沙星抗生素可用於治療克羅恩病的結腸或肛周參與，雖然沒有受到食品和藥物管理局批准使用。它們也可用於治療並發症，包括膿腫和其他感染，伴隨克羅恩病。
- 大麻可用於治療克羅恩病與抗發炎的特性。大麻和大麻派生的藥物也可能有助於治療腸道內壁的。
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