Hepatite B aguda, normalmente, não necessitam de tratamento porque a maioria dos adultos limpar a infecção espontaneamente. Cedo o tratamento antiviral só pode ser exigida em menos de 1% dos pacientes, cuja infecção toma um rumo muito agressivo (hepatite fulminante) ou que estejam imunocomprometidos. Por outro lado, o tratamento da infecção crônica pode ser necessária para reduzir o risco de cirrose e câncer hepático. Indivíduos cronicamente infectados com persistentemente elevados de alanina aminotransferase, um marcador de dano hepático, e os níveis de HBV DNA são candidatos para a terapia.
Embora nenhuma das drogas disponíveis podem limpar a infecção, eles podem parar a replicação do vírus, minimizando assim os danos no fígado. Atualmente, existem sete medicamentos licenciados para o tratamento de infecção por hepatite B nos Estados Unidos. Estes incluem medicamentos antivirais lamivudina (Epivir), o adefovir (Hepsera), tenofovir (Viread), a telbivudina (TYZEKA) e entecavir (Baraclude) e os dois moduladores do sistema imunológico interferon alfa-2a e interferon peguilado alfa-2a (Pegasys). O uso de interferon, que requer injeções diárias ou três vezes por semana, foi suplantada por longa duração interferon peguilado, que é injetado apenas uma vez por semana.
Crianças nascidas de mães conhecidas para levar a hepatite B pode ser tratada com anticorpos para o vírus da hepatite B (imunoglobulina contra hepatite B ou HBIg). Quando administrado com a vacina em 12 horas de nascimento, o risco de contrair hepatite B é reduzida de 90%. Este tratamento permite que uma mãe a amamentar o seu filho em segurança.
Em julho de 2005, pesquisadores da A * STAR e da Universidade Nacional de Cingapura identificou uma associação entre uma proteína DNA-binding pertencentes à classe de proteínas heterogêneas nuclear ribonucleoproteína K (hnRNP K) e replicação do VHB em pacientes. Controlar o nível de hnRNP K pode atuar como um possível tratamento para HBV.
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