Infection par HSV plusieurs causes distinctes de troubles médicaux. Infection courante de la peau ou les muqueuses peuvent affecter le visage et la bouche (herpès oro-facial), les organes génitaux (herpès génital), ou les mains (herpès panaris). Des troubles plus graves se produisent lorsque le virus infecte et les dommages de l'œil (kératite herpétique), ou envahit le système nerveux central, endommageant le cerveau (encéphalite herpétique). Les patients atteints immatures ou un système immunitaire affaibli, comme les nouveau-nés, les receveurs de greffe, ou malades du sida sont sujettes à des complications graves de l'infection au VHS. Infection à HSV a également été associée à des déficits cognitifs du trouble bipolaire, et la maladie d'Alzheimer, même si cela dépend souvent de la génétique de la personne infectée.
Il ya un seul rapport d'une infection systémique par le HSV-2, où une saine 28 ans vieille femme avec un système immunitaire sain est mort 12 jours après avoir contracté le virus.
Dans tous les cas HSV n'est jamais éliminé de l'organisme par le système immunitaire. Après une primo-infection, le virus pénètre dans les nerfs sur le site de l'infection primaire, migre vers le corps cellulaire du neurone, et devient latent dans le ganglion. A la suite de la primo-infection, le corps produit des anticorps pour le type particulier de HSV impliqués, prévenir une infection ultérieure de ce type sur un site différent. Dans le HSV-1 des individus infectés, la séroconversion après une infection orale permettra d'éviter d'autres infections HSV-1 tels que panaris, l'herpès génital, et la kératite. Avant le HSV-1 séroconversion semble réduire les symptômes d'une suite infection HSV-2, bien que le HSV-2 peut toujours être sollicité. La plupart des indications sont que l'infection à HSV-2 contractées avant le HSV-1 séroconversion également vacciner cette personne contre le HSV-1 infection.