Η μηνιγγίτιδα είναι συνήθως προκαλείται από τη μόλυνση από ιούς ή μικροοργανισμούς. Οι περισσότερες περιπτώσεις οφείλονται σε λοίμωξη από τους ιούς, με βακτήρια, μύκητες, παράσιτα και να είναι το επόμενο πιο κοινές αιτίες. Μπορεί επίσης να προκύψουν από διάφορες μη-μολυσματικές αιτίες.
Βακτηριακές
Τα είδη των βακτηρίων που προκαλούν βακτηριακή μηνιγγίτιδα διαφέρει ανάλογα με την ηλικιακή ομάδα. Σε πρόωρα βρέφη και νεογέννητα έως τριών μηνών, συνήθεις αιτίες είναι στρεπτόκοκκους της ομάδας Β (υπότυποι ΙΙΙ, τα οποία συναντώνται συνήθως τον κόλπο και είναι κυρίως η αιτία κατά την πρώτη εβδομάδα της ζωής) και εκείνων που κατοικούν συνήθως το πεπτικό σύστημα, όπως η Escherichia coli ( που μεταφέρουν Κ1 αντιγόνο). Listeria monocytogenes (ορότυπος IVb) μπορεί να επηρεάσει το νεογέννητο και εμφανίζεται σε επιδημίες. Τα μεγαλύτερα παιδιά πιο συχνά επηρεάζονται από Neisseria meningitidis (μηνιγγόκοκκου), Streptococcus pneumoniae (ορότυποι 6, 9, 14, 18 και 23) και εκείνων κάτω των πέντε ετών από αιμόφιλο της ινφλουέντζας τύπου Β (σε χώρες που δεν προσφέρουν τον εμβολιασμό, βλέπε παρακάτω). Στους ενήλικες, N. meningitidis και S. pneumoniae προκαλούν μαζί το 80% όλων των περιπτώσεων της μηνιγγίτιδας, με αυξημένο κίνδυνο L. monocytogenes σε άτομα άνω των 50 ετών.
Πρόσφατες τραύμα στο κρανίο δίνει βακτήρια στη ρινική κοιλότητα τη δυνατότητα να εισέλθουν στην μηνιγγική χώρο. Ομοίως, άτομα με εγκεφαλική διακλάδωση ή σχετίζονται με τη συσκευή (όπως ένα extraventricular διαρροή ή Ommaya δεξαμενή) διατρέχουν αυξημένο κίνδυνο μόλυνσης από αυτές τις συσκευές. Σε αυτές τις περιπτώσεις, οι μολύνσεις με σταφυλόκοκκοι είναι πιο πιθανό, καθώς και λοιμώξεις από Pseudomonas και άλλα Gram-αρνητικών βακίλλων. Η ίδια παθογόνα είναι επίσης πιο συχνή στα άτομα με μειωμένη λειτουργικότητα του ανοσοποιητικού συστήματος. Σε ένα μικρό ποσοστό των ανθρώπων, μια μόλυνση στο κεφάλι και στο λαιμό, όπως μέση ωτίτιδα ή μαστοειδίτιδα, μπορούν να οδηγήσουν σε μηνιγγίτιδα. Αποδέκτες των κοχλιακών εμφυτευμάτων για την απώλεια ακοής είναι σε αυξημένο κίνδυνο πνευμονιοκοκκικής μηνιγγίτιδας.
Φυματιώδη μηνιγγίτιδα, μηνιγγίτιδα οφείλεται σε λοίμωξη από Mycobacterium tuberculosis, είναι πιο κοινή σε αυτούς από τις χώρες όπου η φυματίωση είναι κοινή, αλλά είναι επίσης συναντώνται σε άτομα με προβλήματα του ανοσοποιητικού, όπως το AIDS.
Επαναλαμβανόμενες βακτηριακή μηνιγγίτιδα μπορεί να προκληθεί από τη συνεχιζόμενη ανατομικές ανωμαλίες, είτε εκ γενετής ή επίκτητη, ή από διαταραχές του ανοσοποιητικού συστήματος. Ανατομικές ανωμαλίες επιτρέπουν τη συνέχεια μεταξύ του εξωτερικού περιβάλλοντος και του νευρικού συστήματος. Η πιο κοινή αιτία των επαναλαμβανόμενων μηνιγγίτιδα είναι κάταγμα κρανίου, κυρίως κατάγματα που επηρεάζουν τη βάση του εγκεφάλου ή να εκτείνεται προς τα ιγμόρεια και petrous πυραμίδες. Μια επισκόπηση της βιβλιογραφίας από 363 αναφερθεί περιπτώσεις επαναλαμβανόμενων μηνιγγίτιδας έδειξε ότι το 59% των περιπτώσεων οφείλονται σε τέτοιες ανατομικές ανωμαλίες, το 36% οφείλεται σε ανεπάρκειες του ανοσοποιητικού (όπως η έλλειψη του συμπληρώματος, η οποία προδιαθέτει ιδιαίτερα σε επαναλαμβανόμενες μηνιγγιτιδοκοκκική μηνιγγίτιδα), και 5% λόγω των συνεχιζόμενων λοιμώξεις σε περιοχές που γειτνιάζουν με τις μήνιγγες.
Ασηπτική
Ο όρος άσηπτη μηνιγγίτιδα αναφέρεται αόριστα σε όλες τις περιπτώσεις μηνιγγίτιδας κατά τις οποίες δεν βακτηριακή λοίμωξη μπορεί να αποδειχθεί. Αυτό οφείλεται συνήθως σε ιούς, αλλά μπορεί να οφείλεται σε βακτηριακή λοίμωξη που έχει ήδη εν μέρει αντιμετωπίζεται με εξαφάνιση από τα βακτήρια από τις μήνιγγες, ή από τη μόλυνση σε ένα χώρο δίπλα στις μήνιγγες (π.χ. ιγμορίτιδα). Ενδοκαρδίτιδα (λοίμωξη των καρδιακών βαλβίδων με την εξάπλωση των μικρών ομάδων των βακτηρίων μέσω της κυκλοφορίας του αίματος) μπορεί να προκαλέσει άσηπτη μηνιγγίτιδα. Άσηπτη μηνιγγίτιδα μπορεί να προκληθεί από μόλυνση με σπειροχαίτες, ένα είδος βακτηριδίου που περιλαμβάνει Treponema pallidum (η αιτία της σύφιλης) και Borrelia burgdorferi (γνωστό για την πρόκληση της νόσου του Lyme). Η μηνιγγίτιδα μπορεί να προκύψει στην εγκεφαλική ελονοσία (ελονοσία μολύνει τον εγκέφαλο). Μυκητιασική μηνιγγίτιδα, π.χ. λόγω Cryptococcus neoformans, εμφανίζεται συνήθως σε άτομα με ανεπάρκεια του ανοσοποιητικού συστήματος, όπως το AIDS. Αμοιβαδική μηνιγγίτιδα, μηνιγγίτιδα οφείλεται σε μόλυνση με αμοιβάδες, όπως Naegleria fowleri, έχει αναλάβει με σύμβαση από πηγές γλυκού νερού.
Viral
Οι ιοί που μπορεί να προκαλέσει μηνιγγίτιδα περιλαμβάνουν εντεροϊών, του απλού έρπητα τύπου 2 ιών (και λιγότερο συχνά τον τύπο 1), ιός της ανεμευλογιάς ζωστήρα (γνωστός για την πρόκληση της ανεμοβλογιάς και έρπητα ζωστήρα), ο ιός της παρωτίτιδας, του ιού HIV, και LCMV.