Podría desarrollarse un absceso lateral de la amígdala durante una infección, por lo general varios días después del inicio de la amigdalitis. Esto se llama un absceso periamigdalino (o anginas).
En raras ocasiones, la infección puede extenderse más allá de la amígdala resulta en la inflamación y la infección de la vena yugular interna, dando lugar a una propagación de la infección septicemia (síndrome de Lemierre).
En los casos crónicos / recurrentes (generalmente se define como siete episodios de amigdalitis en el año anterior, cinco episodios en cada uno de los dos años anteriores o tres episodios en cada uno de los tres años anteriores), o en los casos agudos en las amígdalas palatinas tan hinchados que la deglución se ve afectada, una amigdalectomía se puede realizar para extirpar las amígdalas. Los pacientes que se han eliminado las amígdalas son sin duda sigue siendo protegidos de la infección por el resto de su sistema inmunológico.
Las bacterias se alimentan de mucus que se acumula en los pozos (en adelante, "criptas") en las amígdalas puede producir depósitos de color blanco-amarillento conocido como tonsilolitos. Estos pueden emitir un olor debido a la presencia de compuestos volátiles de azufre.
Hipertrofia de las amígdalas puede provocar los ronquidos, respiración bucal, trastornos del sueño y la apnea obstructiva del sueño, durante el cual el paciente deja de respirar y sufre una caída en el contenido de oxígeno en la sangre. La amigdalectomía puede ser curativo.
En casos muy raros, enfermedades como la fiebre reumática o glomerulonefritis puede ocurrir. Estas complicaciones son muy raras en los países desarrollados, pero siguen siendo un problema importante en las naciones más pobres.
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