雖然潰瘍性結腸炎的原因仍是未知之數，幾個，可能是相互關聯的，原因已經建議。有些人認為最小的疾病可能引發的疾病。
遺傳因素
潰瘍性結腸炎的病因遺傳因素，可以基於以下假設：
- 聚集在家庭中的潰瘍性結腸炎。
- 相同，10％的雙胞胎一致率和異卵雙胞胎一致率3％
- 發病率的種族差異
- 遺傳標記和聯繫
這可能與潰瘍性結腸炎的基因組有12個地區。這包括染色體 16，12，6，14，5，19，1，16，在它們的發現順序和3。然而，這些位點都一直顯示在故障，提示疾病由多個基因的組合而產生的。例如，1p36染色體樂隊是一個這樣的區域被認為是與發炎性腸道疾病。公認的一些地區 OCTN1和OCTN2等轉運蛋白編碼。其他潛力的地區，涉及細胞骨架蛋白，如MAGUK家庭。甚至有可能在工作中的HLA協會。事實上，6號染色體上的這種聯繫可能是最有說服力的和一致的遺傳候選人。
- 飲食：飲食中發酵的膳食纖維，低可能會影響潰瘍性結腸炎的發病率。
- 母乳喂養：已經有衝突的保護母乳喂養的報告，在炎症性腸道疾病的發展。一位意大利的研究表明一種潛在的保護作用。
- 一些科學研究，維甲酸是克羅恩病和潰瘍性結腸炎的可能觸發一些個人發布。 3例在美國進行審判了迄今所有導致數百萬美元的三個，對異維 A酸的製造商的判斷。有一個額外的425未決案件。
自身免疫性疾病
有些來源清單作為一種自身免疫性疾病的一種疾病，潰瘍性結腸炎，免疫系統發生故障，攻擊身體的某些部分。在克羅恩病，它可以影響結腸以外的消化道領域，潰瘍性結腸炎通常涉及直腸，並只限於偶爾參與的迴腸，結腸。這種所謂的“反沖洗回腸炎”可以發生在與全結腸炎患者的10-20％，被認為是臨床意義不大。潰瘍性結腸炎也可以在身體的許多領域以外的消化系統症狀與合併症產生關聯。手術切除大腸往往可以治愈的疾病。它可能是由皮下襯裡毛細血管閉塞，引起墮落下方的黏膜和固有層漿細胞浸潤的纖維。
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