疫苗不能保證完整的保護，從一種疾病。有時，這是因為宿主的免疫系統只是沒有反應充分或根本。這可能是由於降低免疫力一般 (糖尿病、 類固醇、 愛滋病毒感染） 或由於宿主的免疫系統沒有 B 細胞能產生抗體的抗原。
即使在主機發展抗體，人體的免疫系統不完善，在任何情況下免疫系統可能仍然無法擊敗感染。
佐劑通常用於增強免疫反應。鋁佐劑最常使用，但一些疫苗和角鯊烯與更多的疫苗還可用於佐劑像角鯊烯和磷酸佐劑正在進行測試。
效能或性能是疫苗的取決於多個因素：
- 疾病本身 （對於某些疾病預防接種執行比其他疾病）
- （一些疫苗接種是疾病的不同菌株） 疫苗的應變 [http://bmj.bmjjournals.com/cgi/content/full/319/7206/352
- 是否一個存放疫苗接種時間表
- 一些個人是 '非急救員' 某些疫苗，也就是說它們不生成抗體即使正確預防接種
- 其他因素，例如種族或遺傳易感性
疫苗接種的個人不會發展這種疾病免疫接種，可能會溫和比不接種疫苗的情況下這種疾病。
以下是重要的考慮因素： 效力的疫苗接種程式：
- 小心建模預測免疫接種運動將在中、 長期疾病的流行病學產生的影響
- 以下介紹的一種新疫苗的有關疾病的持續監測和
- 即使病已成為罕見保持高免疫接種率。
1958 年有 763,094 例麻疹和 552 人死亡美國。新疫苗的説明下，個案數目下降到少於 150 每年 （56 的中位數）。糾紛產生了道德、 倫理、 有效性和疫苗的安全性。主流醫學專家的意見是大大防止痛苦和死亡的嚴重傳染性疾病的好處大於風險罕見免疫接種後的不良反應。疫苗接種批評家說疫苗是預防疾病無效或疫苗安全性研究不足。和一些政治團體反對強制性接種疫苗對個人自由的理由。
大多數疫苗發展到目前為止一直依賴政府、 高校和非盈利組織提供資金的推力。很多的疫苗已高成本效益和對公眾的健康有益。可能是由於政府法規和支援，而不是經濟誘因。
許多研究人員和決策者要求採取不同的方式，使用 '拉' 機制激勵產業。如獎品、 稅收抵免或預先市場承諾機制可以確保金融回報，以愛滋病毒疫苗研製成功的公司。如果政策是精心設計的它可能還確保人能獲得一種疫苗，如果開發。
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