O sistema imunitário reconhece agentes vacina como estrangeiros, destrói-los e 'lembra'. Quando a versão virulenta de um agente vem ao longo do corpo reconhece o brasão de proteína no vírus e, portanto, está preparada para responder, por (1) neutralizar o agente de destino antes de ele pode inserir células e (2) por reconhecer e destruir as células infectadas antes que o agente pode multiplicar a grandes números.
Quando dois ou mais vacinas são misturadas na mesma composição, as duas vacinas podem interferir. Isso freqüentemente ocorre com vacinas vivas atenuadas, onde um dos componentes do vacina é mais robusto do que os outros e suprime o crescimento e a resposta imune a outros componentes. Este fenómeno foi primeiro observado na trivalente vacina Sabin contra a pólio, onde a quantidade de vírus serotipo 2 na vacina teve de ser reduzido para parar de interferir com a "tomar" dos vírus na vacina serotipo 1 e 2. Este fenômeno também foi encontrado um problema com as vacinas de dengue atualmente sendo pesquisados, onde foi encontrado o serotipo DEN-3 a predominar e suprimir a resposta para o DEN-1, -2 e -4 sorotipos.
Vacinas têm contribuído para a erradicação da varíola, uma das doenças contagiosas e mortais mais conhecidas pelo homem. Outras doenças como rubéola, poliomielite, sarampo, caxumba, varicela e febre tifóide estão longe tão comuns como eram há cem anos. Enquanto a maioria das pessoas é vacinada, é muito mais difícil para um surto de doença ocorrer, quanto mais se espalhou. Este efeito é chamado de imunidade do rebanho. Poliomielite, que é transmitida apenas entre seres humanos, é alvo de uma campanha de erradicação extensa que tem visto endêmica da pólio restringida a apenas partes de quatro países (Afeganistão, Índia, Nigéria e Paquistão).A dificuldade de se chegar a todas as crianças, bem como mal-entendidos culturais, no entanto, ter causado a data prevista de erradicação perder várias vezes.
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