疫苗的生產有幾個階段。首先，抗原本身產生的。病毒種植原代細胞，如雞蛋（“如”，流感），或如連續細胞系培養的人體細胞（“如”，A型肝炎）。細菌在生物反應器中生長的（“如”，“嗜血流感桿菌”B型）。
另外，來自病毒或細菌的重組蛋白可產生酵母，細菌或細胞培養。後產生抗原，它是用於生成細胞分離。
可能沒有需要進一步淨化，可能需要滅活病毒。重組蛋白的許多操作需要涉及超濾和柱層析。
最後，該疫苗是制定通過加入佐劑的穩定劑，並根據需要防腐劑。佐劑提高抗原的免疫反應，穩定增加的儲存壽命，和防腐劑，允許使用多劑量小瓶。聯合疫苗開發和生產困難，因為潛在的不兼容性和參與之間的抗原和其他成分的相互作用。
專利
疫苗研製過程中的專利的申請，也可以看作是一個新疫苗發展的障礙。因為通過對最終產品的專利提供保護不力，保護有關疫苗的創新往往是通過開發新的疫苗以及保密的進程專利。
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