纤维肌痛的原因不明，但也有可能是一个涉及许多因素。很多人联想到一个身体或心理压力或创伤性事件，如车祸，纤维肌痛的发展。有些人把它连接到重复受伤。别人链接到一种疾病。患有类风湿关节炎和其他自身免疫性疾病，如狼疮，的人特别容易发展肌痛。对于其他人，肌痛似乎自发地发生。
许多研究人员正在研究其他原因，包括中枢神经系统（脑和脊髓）如何处理疼痛的问题。
一些科学家推测，一个人的基因，可调节的方式，他或她身体机能的疼痛刺激。根据这一理论，纤维肌痛的人可能有一个基因或基因，导致他们作出反应强烈的刺激，大多数人不会看成是痛苦的。然而，这些基因 - 如果他们，其实存在 - 还没有被确定。
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