纖維肌痛的原因是未知的但有很多因素有關。很多人將纖維肌痛的發展與體力或精神疲憊的壓力或創傷的事件，如汽車事故相關聯。一些連接到重複的傷害。其他連結到一種疾病。與類風濕性關節炎等自身免疫性疾病，如狼瘡，人特別容易患纖維肌痛。為他人，纖維肌痛似乎發生自發性。
許多研究人員現正研究其它原因包括中樞神經系統 （腦和脊髓） 如何處理痛苦的問題。
一些科學家推測一個人的基因可規管他或她的身體處理痛苦刺激的方式。根據這一理論，纖維肌痛的人可能有一個基因或基因，使他們大多數人不會認為是痛苦的刺激作出強烈反應。不過，這些基因-如果他們，事實上，存在的不確定了。
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