भ्रूण स्टेम सेल लाइनों (ते सेल लाइनों) एक ब्लास्टोसिस्ट या पहले morula स्टेज भ्रूण के भीतर सेल जन (ICM) के epiblast ऊतकों से निकाली गई कक्षों की संस्कृतियों कर रहे हैं। एक प्रारंभिक चरण भ्रूण एक ब्लास्टोसिस्ट है-लगभग चार से पांच दिन पुराने मानव में तथा consisting 50–150 कक्षों की। ES कोशिकाओं pluripotent कर रहे हैं और सभी डेरिवेटिव के दौरान तीन प्राथमिक जनन स्तर के विकास को जन्म दे: त्वक स्तर, अन्तः त्वक स्तर और मध्य त्वक स्तर का। दूसरे शब्दों में, वे 200 से अधिक कक्ष में से प्रत्येक में विकसित कर सकते हैं जब किसी विशिष्ट कक्ष प्रकार के लिए पर्याप्त है और आवश्यक उत्तेजना को देखते हुए वयस्क शरीर के प्रकार। वे extra-embryonic झिल्ली या नाल को नहीं मिलती।
तारीख करने के लिए लगभग सभी अनुसंधान माउस भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (एम ई एस) या मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (hES) का उपयोग करके जगह ले लिया है। दोनों आवश्यक स्टेम सेल विशेषताओं है, फिर भी वे बहुत अलग वातावरण की आवश्यकता है एक undifferentiated राज्य बनाए रखने के लिए। माउस ES कोशिकाओं जिलेटिन की एक परत पर हो रहे हैं और लेकिमिया निरोधात्मक कारक (LIF) की उपस्थिति की आवश्यकता है। मानव कोशिकाओं के ES माउस भ्रूण fibroblasts (MEFs) की एक फीडर परत पर हो रहे हैं और उपस्थिति की बुनियादी Fibroblast वृद्धि कारक (bFGF या FGF-2) की आवश्यकता है। इष्टतम संस्कृति शर्तों या आनुवंशिक हेरफेर के बिना, भ्रूण स्टेम कोशिकाओं तेजी से अंतर होगा।

भ्रूण स्टेम सेल संस्कृतियों पैदा करने के लिए तकनीकों। (© 2001 Terese Winslow, केटलीन Duckwall)
एक मानव भ्रूण स्टेम सेल भी कई प्रतिलेखन कारकों और सेल सतह प्रोटीन की उपस्थिति द्वारा परिभाषित किया गया है। प्रतिलेखन कारकों Oct-4, Nanog, और Sox2 जीन है कि भेदभाव करने के लिए नेतृत्व के दमन और pluripotency का रखरखाव सुनिश्चित करता है कि कोर विनियामक नेटवर्क के रूप में। Glycolipids SSEA3 और SSEA4 और keratan सल्फेट antigens टीआरए-1-60 और टीआरए-1-81 सेल सतह antigens hES कोशिकाओं की पहचान के लिए सबसे अधिक इस्तेमाल कर रहे हैं। एक स्टेम सेल की आणविक परिभाषा के कई और अधिक प्रोटीन भी शामिल है और अनुसंधान के एक विषय बनी हुई है।
अनुसंधान के लगभग दस वर्षों के बाद, वहाँ कोई मंजूरी दे दी उपचार भ्रूण स्टेम कोशिकाओं का उपयोग कर रहे हैं। पहला मानव परीक्षण अमेरिकी खाद्य एवं औषधि प्रशासन द्वारा 2009 जनवरी में अनुमोदित किया गया था। ES कोशिकाओं pluripotent कोशिकाओं, किया जा रहा है, सही भेदभाव - के लिए विशेष संकेतों की आवश्यकता है यदि सीधे एक और शरीर में इंजेक्शन, ES कोशिकाओं कक्षों, किसी teratoma के कारण के कई अलग अलग प्रकार में अंतर होगा। बड़ा निर्णायक ES कोशिकाओं प्रत्यारोपण अस्वीकृति से परहेज करते हुए प्रयोग करने योग्य कक्षों में बाधा दौड़ कि भ्रूण स्टेम सेल शोधकर्ताओं चेहरा अभी भी से कुछ कर रहे हैं। बहुत सी जातियों वर्तमान में विलंबन आदेश पर या तो ES सेल अनुसंधान या नई ES सेल लाइनों का उत्पादन किया। असीमित विस्तार और pluripotency के उनके संयुक्त क्षमताओं के कारण, भ्रूण स्टेम कोशिकाओं पुनर्योजी चिकित्सा और ऊतक प्रतिस्थापन चोट या बीमारी के बाद के लिए एक सैद्धांतिक रूप से संभावित स्रोत रहते हैं।
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