Malattie autoimmuni derivano da una risposta immunitaria iperattiva del corpo contro le sostanze e i tessuti normalmente presenti nel corpo. In altre parole, il corpo in realtà attacca le proprie cellule.
Questo può essere limitato a determinati organi (ad es. in tiroidite) o coinvolgere un tessuto particolare in luoghi diversi (ad esempio malattia che possano pregiudicare la membrana basale sia il polmone e il rene). Il trattamento delle malattie autoimmuni è tipicamente con immunosoppressione — farmaco che diminuisce la risposta immunitaria.
C'è una discussione in corso su quando una malattia dovrebbe essere considerata autoimmune, portando a diversi criteri, come postulati di Witebsky.
Le cause possono includere mimetismo molecolare, o la presenza di cellule fetali nel sangue materno, vale a dire Microchimerismo e infezioni con alcuni virus e batteri.
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