自身免疫性疾病产生的过于活跃体内的免疫反应，对通常在体内存在的物质和组织。换句话说，身体攻击自身的细胞。
这可能会限制某些器官（如甲状腺炎），或在不同的地方（例如肺出血肾炎的疾病，这可能会影响肺和肾基底膜）涉及的特定组织。自身免疫性疾病的治疗通常是与免疫抑制药物，从而降低免疫反应。
有一种疾病时，应考虑自身免疫性，导致不同的标准，如Witebsky的假设进行的讨论。
其原因可能包括分子模仿，或产妇血液中的胎儿细胞的存在，即微嵌合体，并与一些病毒和细菌感染。
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