自身免疫是有机体未能认识到它自己的构成部分，作为自我，允许对其自身的细胞和组织的免疫反应。任何疾病，这种异常的免疫反应的结果被称为一种自身免疫性疾病。突出的例子包括腹腔疾病、 糖尿病类型 1 （IDDM)，系统性红斑狼疮 （SLE），Sjögren 的综合征，肉芽肿综合征，桥本的甲状腺炎、 格雷夫斯病、 特发性血小板减少性紫癜和类风湿性关节炎 (RA)。看到自身免疫性疾病的列表。
一个人的免疫系统是完全不能认识到 '自我' 抗原的误解不是新的。保罗 · 埃利希，二十世纪初提出恐怖 autotoxicus，其中一个正常的机构不会不能装入自己组织的免疫应答的概念。因此，任何的自身免疫反应被认为是异常和假设与人类疾病。现在，人们公认自身免疫反应是脊椎动物免疫系统 （有时称为天然自身免疫'），通常从致病因自身抗原免疫耐受现象的一个组成部分。自身免疫不应与 alloimmunity 混为一谈。
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