自身免疫是有機體未能認識到它自己的構成部分，作為自我，允許對其自身的細胞和組織的免疫反應。任何疾病，這種異常的免疫反應的結果被稱為一種自身免疫性疾病。突出的例子包括腹腔疾病、 糖尿病類型 1 （IDDM)，系統性紅斑狼瘡 （SLE），Sjögren 的綜合征，肉芽腫綜合征，橋本的甲狀腺炎、 格雷夫斯病、 特發性血小板減少性紫癜和類風濕性關節炎 (RA)。看到自身免疫性疾病的清單。
一個人的免疫系統是完全不能認識到 '自我' 抗原的誤解不是新的。保羅 · 埃利希，二十世紀初提出恐怖 autotoxicus，其中一個正常的機構不會不能裝入自己組織的免疫應答的概念。因此，任何的自身免疫反應被認為是異常和假設與人類疾病。現在，人們公認自身免疫反應是脊椎動物免疫系統 （有時稱為天然自身免疫'），通常從致病因自身抗原免疫耐受現象的一個組成部分。自身免疫不應與 alloimmunity 混為一談。
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