De Wetenschappers bij het Nationale Laboratorium van Brookhaven van het Ministerie van de V.S. van Energie stellen voor die een supercomputer oorspronkelijk te gebruiken wordt ontwikkeld om elementaire deeltjes in high-energy fysica te simuleren helpen de structuren en de functies van proteïnen, met inbegrip van, bijvoorbeeld, de 30.000 die of zodat proteïnen bepalen door het menselijke genoom worden gecodeerd. De Structurele informatie zal beter wetenschappers helpen proteïnen' begrijpen rol in ziekte en gezondheid, en kan tot nieuwe kenmerkende en therapeutische agenten leiden.
In Tegenstelling Tot typische parallelle bewerkers, bevatten de 10.000 bewerkers in deze supercomputer (genoemd QuantumChromodynamics op een Spaander, of QCDOC, voor zijn originele toepassing in fysica) elk hun eigen geheugen en equivalent van een 24 steegexpressweg voor het communiceren met elkaar in zes afmetingen. Deze configuratie staat de supercomputer toe om de taak om de driedimensionele regeling van atomen van een proteïne - 100.000 in een typische proteïne te ontcijferen - in kleinere brokken van 10 atomen per bewerker te breken. Samenwerkend, zegt de effectief gesneden spaanders de rekentijd nodig om de structuur van een proteïne op te lossen door een factor van 1000, James Davenport, een fysicus in Brookhaven. Dit zou de tijd voor een simulatie van ongeveer 20 jaar aan 1 week verminderen.
De „computer analyseert de aantrekkingskrachten en de weerzin tussen atomen, afhankelijk van hun posities, afstanden, en hoeken. Het schuifelt door alle mogelijke regelingen om bij de stabielste driedimensionele configuratie aan te komen,“ Davenport zegt.