Wissenschaftler an der US-Abteilung von das Brookhaven-Nationalem Laboratorium der Energie schlagen vor, eine Supercomputer zu verwenden, die ursprünglich entwickelt wird, um Elementarteilchen in der Hochenergiephysik zu simulieren, um zu helfen, die Zellen und die Funktionen von Proteinen, einschließlich zu bestimmen zum Beispiel die 30.000 oder also Proteine, die durch das menschliche Genom kodiert werden. Strukturelle Informationen helfen Wissenschaftlern, besser Proteinzu verstehen' Rolle in der Krankheit und in der Gesundheit und führen möglicherweise zu neue Diagnose- und therapeutische Agenzien.
Anders Als typische parallele Prozessoren enthalten die 10.000 Prozessoren in dieser Supercomputer (genannt Quantum Chromodynamics auf einem Chip oder QCDOC, für seine ursprüngliche Anwendung in der Physik) jeder ihren eigenen Speicher und das Äquivalent einer 24 Wegautobahn für miteinander in Verbindung stehen in sechs Abmessungen. Diese Konfiguration lässt die Supercomputer die Aufgabe des Dechiffrierens der dreidimensionalen Anordnung für die Atome eines Proteins - 100.000 in einem typischen Protein - in kleinere Klumpen von 10 Atomen pro Prozessor brechen. Zusammenarbeitend, schnitten die Chips effektiv die Rechenzeit, die, um die Zelle eines Proteins durch einen Faktor von 1000 zu lösen erforderlich ist, sagt James Davenport, ein Physiker bei Brookhaven. Dieses würde die Zeit für eine Simulation von ungefähr 20 Jahren bis 1 Woche verringern.
„Der Computer analysiert die Kräfte der Anziehungskraft und der Abstossung zwischen Atomen, abhängig von ihren Stellungen, Abständen und Winkeln. Er schlurft durch alle möglichen Vorbereitungen, um höchstens anzukommen stabile dreidimensionale Konfiguration,“ Davenport sagt.