蛋白質の構造そして機能を定めるのに使用されるスーパーコンピュータ

Brookhaven の国立研究所米国エネルギー省の科学者は蛋白質の構造そして機能を、を含んで、ヒトゲノムによって符号化される例えば定めるのを、助けるように 30,000 のまたは従って蛋白質高エネルギー物理学の素粒子を模倣するように最初に発達するスーパーコンピュータを使用するために提案しています。 構造的情報は科学者が病気および健康に於いての役割蛋白質の」理解するのをよりよく助け、新しい診断および治療上のエージェントに導くかもしれません。

典型的な平行プロセッサとは違って、このスーパーコンピュータの 10,000 台のプロセッサは (チップの Quantum Chromodynamics、か物理学の元のアプリケーションのための QCDOC と、呼出される) それぞれ 6 つの次元で互いに通信のための 24 車線の超高速道路の自身のメモリそして等量を含んでいます。 この構成は - プロセッサ 1 台あたりの 10 個の原子のより小さい固まりに…スーパーコンピュータがの三次元整理の蛋白質の原子 - 典型的な蛋白質の 100,000 解読のタスクを壊すようにします。 協力して、チップは効果的に必要な 1000 の要因によって蛋白質の構造を解決するために計算時間を言いますジェームスダベンポート、 Brookhaven の物理学者を切りました。 これはおよそ 20 年まで 1 週からのシミュレーションの時間を減らします。

「コンピュータは位置、間隔および角度によって原子間の魅力そして拒絶の力を、分析します。 それはすべての可能な整理によって最高で着くために安定した三次元構成混ぜます」とダベンポートは言います。

技術は - 構造を定めるのに結晶させた蛋白質の原子を離れて X 線分散のパターンが使用されているかところに X 線の結晶学のような蛋白質構造の決定の他の方法に補足、です。 それは結晶しが不可能またはにくいの細胞膜を渡る分子の動きを制御するそれのような蛋白質のために特に有用です。 高速分析はまた相互に作用しているか、またはそれらに単独で構造調査から使用できるより蛋白質についてのより多くの情報を」機能与える他の生化学的なプロセスを経ると同時に科学者が蛋白質がどのように変更するか調査することを可能にします。

石の小川大学のダベンポートそして同僚はコロンビア大学、 IBM および RIKEN/BNL の研究所によって Brookhaven の物理学アプリケーションのために発達した QCDOC 機械のアプリケーションをテストします。 蛋白質の調査のためにそのような機械を使用するための潜在性についての詳細を聞くためには、部屋 510C の 11:15 AM に金曜日、 3 月 26 日の分子生物学および計算セッションの間にダベンポートの話を、見て下さい。 この作業は科学および Brookhaven の実験室の機密資金のオフィスエネルギー省内の高度の科学的な計算の研究のオフィスによって資金を供給されます。