Os Cientistas no Ministério de E.U. do Laboratório Nacional do Brookhaven da Energia estão propor usar um super-computador desenvolvido originalmente para simular partículas elementares na física alta-tensão para ajudar a determinar as estruturas e as funções das proteínas, incluindo, por exemplo, as 30.000 ou assim que proteínas codificadas pelo genoma humano. A informação Estrutural ajudará cientistas melhor a compreender papel das proteínas' na doença e na saúde, e pode conduzir aos agentes diagnósticos e terapêuticos novos.
Ao Contrário dos processadores paralelos típicos, os 10.000 processadores neste super-computador (chamado Quantum Chromodynamics em uma Microplaqueta, ou QCDOC, para sua aplicação original na física) cada um contêm sua própria memória e o equivalente de uns 24 superhighway da pista para comunicar-se um com o outro em seis dimensões. Esta configuração permite que o super-computador quebre a tarefa de decifrar o regime tridimensional dos átomos de uma proteína - 100.000 em uma proteína típica - em pedaços menores de 10 átomos pelo processador. Trabalhando junto, as microplaquetas cortaram eficazmente o tempo de computação necessário para resolver a estrutura de uma proteína por um factor de 1000, dizem James Davenport, um físico em Brookhaven. Isto reduziria o momento para uma simulação de aproximadamente 20 anos a 1 semana.
“O computador analisa as forças da atracção e da repulsa entre átomos, segundo seus posições, distâncias, e ângulos. Baralha com todo o regime possível para chegar no máximo configuração tridimensional estável,” Davenport diz.