Научные Работники на Министерстве Энергетики США Лаборатория Брукхейвен Национальная предлагают использовать суперкомпьютер первоначально развитый для того чтобы сымитировать элементарные частицы в физике высоких энергий для того чтобы помочь определить структуры и функции протеинов, включая, например, 30.000 или поэтому протеинов зашифрованных людским геномом. Структурная информация поможет научным работникам более лучше понять роль протеины' в заболевании и здоровье, и может вести к новым диагностическим и терапевтическим агентам.
Не Похож На типичные параллельные обработчики, 10.000 обработчиков в этом вызванном суперкомпьютере (Квантом Chromodynamics на Обломоке, или QCDOC, для своей первичной заявки в физике) каждое содержат их собственную память и эквивалент 24 автострад майны для связывать с одной другое в 6 размерах. Эта конфигурация позволяет суперкомпьютеру сломать задачу расшифровывать трехмерное расположение атомов протеина - 100.000 в типичном протеине - в более малые ломти 10 атомов в обработчик. Работающ совместно, обломоки эффектно отрезали время вычисления необходимое для того чтобы разрешить структуру протеина фактором 1000, говорят Джеймс Davenport, физика на Брукхейвен. Это уменьшило бы время для имитации от приблизительно 20 лет к 1 недели.
«Компьютер анализирует усилия привлекательности и отталкивания между атомами, в зависимости от их положений, расстояний, и углов. Он шаркает через все возможные расположения для того чтобы приехать на самую стабилизированную трехмерную конфигурацию,» Davenport говорит.