用于的巨型计算机确定蛋白质的结构和功能

美国能源部的科学家 Brookhaven 国家实验室建议使用原来地被发展的巨型计算机模拟在高能物理的基本粒子帮助确定蛋白质的结构和功能，包括，例如，人类基因组输入的 30,000，余蛋白质。 结构信息更将好帮助科学家了解在疾病和健康的蛋白质’作用，并且可能导致新的诊断和治疗作用者。

不同于典型的并行处理器，在此巨型计算机的 10,000 个处理器 (称在筹码的 Quantum Chromodynamics 或者 QCDOC，其在物理的原始应用的) 中的每一个在六维数包含他们自己的内存和一条 24 运输路线高速公路的等同互相沟通的。 此配置允许巨型计算机闯进解密蛋白质的原子 - 100,000 的三维排列任务在典型的蛋白质 - 10 个原子更小的大块每个处理器。 共同努力，筹码有效削减需要的计算时间由系数 1000 解决蛋白质的结构，说詹姆斯达文波特， Brookhaven 的一个物理学家。 这将减少模拟的时期从大约 20 年到 1 个星期。

“计算机根据他们的位置、距离和角度分析吸引力和厌恶强制在原子之间。 它通过所有可能的排列拖曳到达至多稳定的三维配置”，达文波特说。

这个技术是补充的对蛋白质结构确定其他方法，例如 X-射线结晶学 - X-射线分散的模式在被结晶的蛋白质的原子用于确定结构的地方。 为是无法或难结晶的蛋白质将是特别有用的，例如控制分子移动在蜂窝电话膜间的那些。 高速分析也将允许科学家学习蛋白质如何更改，当他们配合或进行其他生物化学的进程，比可得到将提供他们关于蛋白质的更多信息’功能从单独结构上的研究。

达文波特和同事石溪大学的将测试他们的应用在为物理应用被发展了在 Brookhaven 由哥伦比亚大学、 IBM 和 RIKEN/BNL 研究中心的 QCDOC 设备。 3月 26日，在星期五要听到更多关于潜在为使用这样设备蛋白质的研究的，请参见达文波特的谈话在分子生物学和计算会议期间，在 11:15 上午在屋子 510C 里。 此工作由在能源部的先进的科学计算的研究办公室资助科学和 Brookhaven 实验室自由支配的资金办公室内。