用於的巨型計算機確定蛋白質的結構和功能

美國能源部的科學家 Brookhaven 國家實驗室建議使用原來地被發展的巨型計算機模擬在高能物理的基本粒子幫助確定蛋白質的結構和功能，包括，例如，人類基因組輸入的 30,000，餘蛋白質。 結構信息更將好幫助科學家瞭解在疾病和健康的蛋白質』作用，并且可能導致新的診斷和治療作用者。

不同於典型的並行處理器，在此巨型計算機的 10,000 個處理器 (稱在籌碼的 Quantum Chromodynamics 或者 QCDOC，其在物理的原始應用的) 中的每一個在六維數包含他們自己的內存和一條 24 運輸路線高速公路的等同互相溝通的。 此配置允許巨型計算機闖進解密蛋白質的原子 - 100,000 的三維排列任務在典型的蛋白質 - 10 個原子更小的大塊每個處理器。 共同努力，籌碼有效削減需要的計算時間由系數 1000 解決蛋白質的結構，說詹姆斯達文波特， Brookhaven 的一個物理學家。 這將減少模擬的時期從大約 20 年到 1 個星期。

「計算機根據他們的位置、距離和角度分析吸引力和厭惡強制在原子之間。 它通過所有可能的排列拖曳到達至多穩定的三維配置」，達文波特說。

這個技術是補充的對蛋白質結構確定其他方法，例如 X-射線結晶學 - X-射線分散的模式在被結晶的蛋白質的原子用於確定結構的地方。 為是無法或難結晶的蛋白質將是特別有用的，例如控制分子移動在蜂窩電話膜間的那些。 高速分析也將允許科學家學習蛋白質如何更改，當他們配合或進行其他生物化學的進程，比可得到將提供他們關於蛋白質的更多信息』功能從單獨結構上的研究。

達文波特和同事石溪大學的將測試他們的應用在為物理應用被發展了在 Brookhaven 由哥倫比亞大學、 IBM 和 RIKEN/BNL 研究中心的 QCDOC 設備。 3月 26日，在星期五要聽到更多關於潛在為使用這樣設備蛋白質的研究的，请參見達文波特的談話在分子生物學和計算會議期間，在 11:15 上午在屋子 510C 裡。 此工作由在能源部的先進的科學計算的研究辦公室資助科學和 Brookhaven 實驗室自由支配的資金辦公室內。