Ερευνητές στο
Duke University έχουν αναπτύξει μια νέα αναλυτική προσέγγιση που συνδυάζει τη γενετική και τα κλινικά δεδομένα για να δώσουν ασθενείς με καρκίνο εξατομικευμένη πρόγνωση της υποτροπής του καρκίνου τους. Οι πληροφορίες που θα μπορούσε να αποδειχθεί κρίσιμης σημασίας για να αποφασιστεί πόσο επιθετικά για τη θεραπεία της νόσου μετά από χειρουργική επέμβαση.
Οι ερευνητές ανέφεραν τα ευρήματά τους με τον καρκίνο του μαστού ως δοκιμή της 26 Απριλίου 2004, σε απευθείας σύνδεση πρόωρη έκδοση των Πρακτικών της Εθνικής Ακαδημίας Επιστημών .
"Επί του παρόντος, είναι κατά κύριο λόγο τις παραδοσιακές κλινικές πληροφορίες μόνο που βοηθά στην κατανόηση του προφίλ κινδύνου του ασθενούς», δήλωσε ο Mike West, Ph.D., Arts & Sciences καθηγητής της στατιστικής και Επιστήμες των Αποφάσεων στο Duke και κύριος συγγραφέας της μελέτης. ». Ωστόσο, τις προβλέψεις του κατ 'αποκοπήν ασθενείς συνήθως σε μεγάλες κατηγορίες πρόσβαση σε λεπτομερείς πληροφορίες γονιδιώματος παρέχει πλέον τη δυνατότητα να προχωρήσει πολύ πέρα από αυτό -. Προσαρμοστεί προς τις προβλέψεις του κινδύνου και προγνώσεις ευρύτερα, για τον κάθε ασθενή ξεχωριστά»
Παρ 'όλα αυτά, οι περισσότερες προηγούμενες μελέτες που έχουν εστιάσει στην ανάπτυξη γονιδιωματικής με βάση πρόβλεψης του κινδύνου υποτροπής του καρκίνου έχουν μόνο ορίζονται σε γενικές γραμμές οι ασθενείς ως υψηλά έναντι χαμηλού κινδύνου, αφήνοντας σημαντικά περιθώρια λάθους σχετικά με αληθινή πιθανότητα ενός ατόμου να επαναληφθούν, είπαν οι ερευνητές. Η δύναμη της προσέγγισης της ομάδας Δούκα να βελτιώσουν τις εν λόγω προβλέψεις έγκειται στη συνδυασμένη χρήση πολλαπλών πηγών και των κλινικών δεδομένων γονιδιωματικής, είπαν.
Στην περιπτωσιολογική μελέτη τους από τον καρκίνο του μαστού, η ομάδα του Δούκα αναπτύξει μεθόδους που χρησιμοποιούν ποικίλες πληροφορίες, συμπεριλαμβανομένων των παραδοσιακών κλινικές μεταβλητές, όπως λεμφαδένων και τα οιστρογόνα κατάσταση των υποδοχέων, και πολλαπλά, πολύπλοκα σχήματα της δραστηριότητας των γονιδίων, ή "γενετικών αποτυπωμάτων", του όγκου του ασθενή . Τα ολοκληρωμένα αυτά τα δεδομένα να διαμορφώσει το μοναδικό προβλέψεις σχετικά με τον κίνδυνο υποτροπής συγκεκριμένους ασθενείς ». Αν και η μελέτη επικεντρώθηκε σε Δούκας ασθενείς με καρκίνο του μαστού, η προσέγγιση μπορεί να εφαρμοστεί ευρύτερα σε κάθε μορφή καρκίνου και μπορεί να ενσωματώσει οποιαδήποτε πληροφορία σχετικά με την έκβαση της νόσου, σύμφωνα με τους ερευνητές.
"Ο καρκίνος είναι μια εξαιρετικά ετερογενή νόσο», είπε ο συν-συγγραφέας Joseph Nevins, Ph.D. "Ως εκ τούτου, κάθε καρκίνος έχει τη δική του ξεχωριστή ιδιότητές του. Προσέγγιση μας, μας επιτρέπει να συλλάβει χαρακτηριστικά πρότυπα στηρίζονται οι εν λόγω διαφορετικές παθολογικές καταστάσεις και να χρησιμοποιήσουν αυτές τις πληροφορίες να κάνουν τεκμηριωμένες προβλέψεις για τον κίνδυνο ενός ασθενούς να εμφανιστεί εκ νέου ότι μπορεί στη συνέχεια να εφαρμοστεί για να κάνουν τις καλύτερες αποφάσεις θεραπεία . " Nevins είναι διευθυντής του Κέντρου για την Τεχνολογία Γονιδιώματος του πανεπιστημίου Ινστιτούτου για Genome Sciences και την πολιτική , και ο James B. Duke καθηγητής της μοριακής γενετικής και της μικροβιολογίας στο Duke University Medical Center.
Η μελέτη υπογραμμίζει επίσης τη σημασία μιας πολυτομεακής προσέγγισης - συμπεριλαμβανομένων των κλινικών, γονιδιωματική, τη στατιστική και υπολογιστική επιστήμονες - για την άσκηση γονιδιωματικής ανακαλύψεις και τεχνολογίες για την κλινική εφαρμογή, τα οποία είναι βασικοί στόχοι του Δούκα IGSP, είπε ο West.
Η νέα μελέτη στηρίζεται στην ομάδα του Δούκα προηγούμενη έρευνα , Που δημοσιεύθηκε στο τεύχος 10 του Μάη, 2003, του The Lancet, που δείχνει ότι η γενετική προφίλ θα συνιστούσε δυσμενή διάκριση με ακρίβεια τους ασθενείς με καρκίνο του μαστού διατρέχουν πολύ υψηλό κίνδυνο του καρκίνου εξαπλώνεται στους λεμφαδένες - ένας κρίσιμος παράγοντας για τη μακροπρόθεσμη επιβίωση - από εκείνες χαμηλό κίνδυνο.
Στην παρούσα μελέτη, οι ερευνητές απέδειξαν τη μέθοδό τους σε μια ομάδα από 158 ασθενείς με καρκίνο του μαστού φαίνεται στο Koo Ίδρυμα Sun Yat-Sen Cancer Center στην Ταϊπέι, για την οποία πρωταρχικός βιοψίες των όγκων είχαν συλλεγεί και παίρνει κλίση μεταξύ 1991 και 2001.
Οι ερευνητές μέτρησαν τη δραστηριότητα των περισσότερων από 12.500 γονιδίων σε δείγματα όγκων των ασθενών, χρησιμοποιώντας DNA μικροσυστοιχία, ή τσιπ γονιδίων, την τεχνολογία. Γονιδιακή τεχνολογία chip λειτουργεί με τη μέτρηση της σχετικής αφθονίας του αγγελιοφόρου RNA (mRNA) - μόρια που λειτουργούν ως πρότυπα για τη σύνθεση των πρωτεϊνών που διεξάγουν τις μυριάδες λειτουργίες του κυττάρου. Το προκύπτον προφίλ της γονιδιακής έκφρασης παρέχουν «στιγμιότυπα» του όγκου κατάσταση κατά τη στιγμή της χειρουργικής επέμβασης. Οι ερευνητές Δούκας ανέλυσε αυτά τα προφίλ της γονιδιακής έκφρασης για τον εντοπισμό ομάδες γονιδίων, ή "Μεταγένης," με άλλα συναφή χαρακτηριστικά.
Η ομάδα χρησιμοποίησε τότε αυτό γονιδιωματικών πληροφοριών μαζί με την τυπική κλινική παράγοντες να οργανώσει τους ασθενείς σε κατηγορίες, που εκπροσωπούν διαφορετικές ομάδες κινδύνου όσον αφορά την υποτροπή του καρκίνου. Στατιστική μέθοδος τους, αξιοποιώντας λεγόμενη «δέντρα ταξινόμηση,« διασπά διαδοχικά ασθενείς σε όλο και μικρότερες ομάδες που έχουν παρόμοια χαρακτηριστικά κινδύνου. Η ανάλυση αυτή επαναλαμβάνεται πολλές φορές, σύμφωνα με διαφορετικά συστήματα ταξινόμησης. Αυτές οι πολλές λύσεις στη συνέχεια συνοψίζονται σε ακριβείς εκτιμήσεις των μοναδικών κίνδυνο επανεμφάνισης καρκίνου του κάθε ασθενούς.
Μοντέλα που συνδυάζουν κλινικές και γονιδιωματικών πληροφοριών που εκτελούνται πολύ καλύτερα από αυτά που κατασκευάζονται με genomic στοιχεία και μόνο, η ομάδα διαπίστωσε. Το αποτέλεσμα αυτό υποδηλώνει ότι οι νέες γενετικές πληροφορίες θα πρέπει να χρησιμοποιηθεί για να αυξήσει, αντί να αντικαθιστούν, πιο παραδοσιακές κλινικές πρόβλεψης του κινδύνου, σύμφωνα με τους ερευνητές.
"Το πλαίσιο μας επιτρέπει να αξιοποιήσει όλες τις διαθέσιμες πληροφορίες - και οι δύο παραδοσιακές μεταβλητές και τα στοιχεία έκφρασης γονιδίων. - Για να ταξινομήσετε μέσω της ετερογένειας της νόσου και να πάρετε πολύ πιο κοντά σε μια εξατομικευμένη πρόβλεψη της έκβασης της νόσου Δεν υπάρχει κανένας λόγος κλινική και γονιδιώματος προγνωστικούς παράγοντες πρέπει να μια «είτε / ή" πρόταση ", δήλωσε ο Nevins.
Είναι σημαντικό, οι ερευνητές πρόσθεσε, η ανάλυσή τους παρέχει επίσης ένα μέτρο της εμπιστοσύνης με την οποία κίνδυνος υποτροπής μπορεί να υπολογιστεί για ένα συγκεκριμένο ασθενή. Τα μέτρα της εμπιστοσύνης είναι κρίσιμης σημασίας, όπως είπαν, επειδή κάποιοι ασθενείς «κίνδυνος υποτροπής μπορεί να είναι λιγότερο σαφές από ό, τι σε άλλα, πληροφορίες που θα μπορούσαν να καθορίσουν τον τρόπο βαριά ασθενών θα πρέπει να σταθμίζουν εξατομικευμένες πρόβλεψης κινδύνου τους.
«Αν σχετικές κλινικές και γονιδιώματος προγνωστικούς παράγοντες παρέχουν αντικρουόμενες πληροφορίες σχετικά με μια κατάσταση κινδύνου ασθενείς, είναι κρίσιμο ότι η αβεβαιότητα που προκύπτει να εκπροσωπούνται δεόντως και να κοινοποιείται στην επαρκή ενημέρωση - και μάλιστα προσοχή - την κλινική ερμηνεία του εκτιμώμενου κινδύνου του ασθενούς, και ότι πρέπει να γίνουν προσπάθειες για να τεμαχίσει και να κατανοήσουν την υποκείμενη βάση αυτής της σύγκρουσης ", είπε ο West.
Η νεοαποκτηθέντα έξυπνη προσέγγιση τώρα επεκταθεί περαιτέρω και να αξιολογηθεί σε πρόσθετες ομάδες ασθενών. Όταν ολοκληρωθεί, είπε Nevins, η δοκιμή θα ήταν έτοιμη να ενσωματωθούν στην κλινική πρακτική με περιορισμένο τρόπο. Για παράδειγμα, οι ασθενείς θα μπορούσαν να χρησιμοποιήσουν τις πληροφορίες για το σχετικό κίνδυνο τους να αποφασίσουν ανάμεσα σε μια περισσότερο ή λιγότερο επιθετική θεραπεία.
Η μέθοδος έχει και άλλες χρήσεις, καθώς, Δυτική σημείωσε. Για παράδειγμα, η ανάλυση θα μπορούσε να παρέχει πληροφορίες σχετικά με την ανταπόκριση των ασθενών με ειδικές μεθόδους επεξεργασίας, τα μέτρα που θα ήταν χρήσιμο να εφαρμοστούν κατά την αξιολόγηση των κλινικών δοκιμών και επιλογή από τα πιο αποτελεσματικά θεραπευτικά σχήματα.
Το έργο περιλαμβάνει την Duke συνεργάτες Jennifer Pittman, Ph.D., Erich Huang, MD, Holly Dressman, Ph.D., Cheng-Fang Horng, Andrea Bild, Ph.D., και Edwin Iversen, Ph.D., όλοι Δούκας, καθώς και Skye Cheng, MD, Hua Mei-Tsou, MD, Chii-Ming Chen, MD, και ο Andrew Huang, MD, του Koo Ιδρύματος Sun Yat-Sen Cancer Center στην Ταϊπέι.