Il modello elaborato dal calcolatore di DNA nocivo piega le norme

Le Nostre ginocchia possono diventare rigide una volta danneggiate, ma il DNA su battuto diventa flessibile, suggerisce il modello elaborato dal calcolatore più dettagliato di DNA nocivo fin qui. Più Ulteriormente, questa flessibilità spiega come gli enzimi dell'organismo riconoscono e fissano il DNA nocivo.

“C'è molta discussione nella letteratura circa come il DNA nocivo è riconosciuto dagli enzimi della riparazione,„ ha detto Maciej Haranczyk, uno scienziato del personale al Dipartimento Per L'Energia il Laboratorio Nazionale Di Nord-ovest Pacifico In Richland, Washington “che La maschera corrente è che alcuni enzimi piegano il DNA nocivo per riparare i frammenti alterati. Ma nessuno ha saputo perché il DNA nocivo era più suscettibile del piegamento.„

Haranczyk e la simulazione dei colleghi, riferita Domenica alla riunione nazionale della Società di Prodotto Chimico Americano, offre una spiegazione. In Primo Luogo, ha programmato una modifica chimica ad una Sequenza di DNA intatta. Come con DNA reale, la spina dorsale della molecola simulata è stato distorta e le sue coppie di basi spostata. Il mutamento strutturale ha corrisposto ad un cambiamento nella forma della molecola, nella sua energia e come le cariche elettriche si distribuiscono in tutto la molecola.

“Tutte queste funzionalità sono significative nel riconoscimento enzimatico del sito nocivo,„ Haranczyk ha detto. “Nel nostro modello, danno avvia una riorganizzazione del zucchero-fosfato nella spina dorsale del DNA tali che il DNA diventa più sottile. In DNA nocivo, negativamente - i gruppi fatti pagare del fosfato migrano lungo l'asse del DNA e quello permette che la molecola pieghi facilmente. Crediamo che sia questa differenza nel DNA nocivo e intatto che gli enzimi riconoscono.„

Haranczyk ha detto che questa era la prima simulazione di chimica di quantum per esaminare così grande sistema biologico--in questo caso, una Sequenza di DNA ha composto di 350 atomi. “Con un sistema così grande, uno non può fare questo genere di lavoro senza un supercomputer. Fortunatamente, abbiamo avuti accesso ad uno dei computer più potenti del mondo 10,„ alloggiato al Laboratorio di Scienze Molecolare di W.R. Wiley Environmental sulla città universitaria di PNNL.

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