傷つけられた DNA の計算機モデルは規則を曲げます

傷つけられたとき私達の堅くなる、強打された DNA は適用範囲が広く、今までに提案します傷つけられた DNA の最も詳しい計算機モデルをなります。 更に、この柔軟性はボディの酵素がどのように傷つけられた DNA を認識し、修復するか説明します。

「傷つけられた DNA が修理酵素によってどのようにについての認識されるか文献に多くの議論が」、言いました Maciej Haranczyk、 Richland、ワシントン州の太平洋の北西国立研究所エネルギー省のスタッフの科学者をあります 「現在の映像が変えられたフラグメントを修理するためにある酵素は傷つけられた DNA を曲げることの。 しかし傷つけられた DNA が曲がることにより敏感」。なぜだったか誰も知りませんでした

Haranczyk およびアメリカ化学会の各国用の会合で日曜日を報告される同僚のシミュレーションは説明を提供します。 最初に、それらはそのままな DNA のフラグメントへの化学変化をプログラムしました。 実質 DNA と同じように、模倣された分子のバックボーンは転置された歪められた基礎ペアになりました。 構造変化はエネルギーの分子の形の変更と電荷が分子全体どのように配られるか、対応し。

「これらの機能すべて傷つけられたサイトの酵素の認識で重要です」はと Haranczyk は言いました。 「私達のモデル、損傷で DNA がより薄くなること DNA のバックボーンの砂糖隣酸塩の再構成をそのような物誘発します。 傷つけられた DNA では、負荷電の隣酸塩グループは DNA の軸線に沿って移行し、それは分子が容易に曲がるようにします。 私達はそれが酵素が」。認識する傷つけられ、そのままな DNA のこの相違であることを信じます

Haranczyk はこれが非常に大型生物系を調査する最初の量化学シミュレーションだったことを言いました--この場合、 350 個の原子から成っている DNA のフラグメント。 「大きいシステムそう 1 とスーパーコンピュータなしでこの種類の作業をすることができません。 幸いにも、私達は世界 10 の最も強力なコンピュータの 1 つへのアクセスが」、 PNNL のキャンパスの W.R. ワイリー Environmental の分子科学研究所で収容されてありました。

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