Model komputeru uszkadzający DNA zgina reguły

Nasz kolana ranią mogą zostać sztywnymi gdy, ale łomotający up DNA zostać elastycznym, sugeruje szczegółowego modela komputeru uszkadzający DNA do teraz. Dalej, ten elastyczność wyjaśnia jak ciało enzymy rozpoznają uszkadzającego DNA i załatwiają.

Tam  jest mnóstwo dyskusja w literaturze o" powiedział Maciej Haranczyk, pięcioliniowy naukowiec przy działem energia północnego zachodu Pacyficzny narodowe laboratorium w Richland, obmycie. "jak uszkadzający DNA rozpoznaje remontowymi enzymami," "aktualny obrazek jest że niektóre enzymy zginają uszkadzającego DNA naprawiać zmieniających czerepy po to, aby. Ale nikt znał dlaczego uszkadzający DNA był podatny zginać."

Haranczyk i kolega symulacja, donosząca Niedziela przy Amerykańskiej substanci chemicznej społeczeństwa krajowym spotkaniem, oferujemy wyjaśnienie. Najpierw, programowali chemiczną zmianę nietknięty DNA czerep. Jak z reala DNA zostać zniekształcającym wysiedlający symulującej molekuły kręgosłup i swój baz pary. Zmiana strukturalna korespondował z zmianą w molekuła kształcie w swój energii, i jak elektryczni ładunki zakłócają przez cały molekuły.

"Wszystkie te cechy są znaczące w enzymatycznym rozpoznaniu uszkadzający miejsce," Haranczyk powiedział. "W nasz modelu, szkoda wywołuje przeorganizowania fosfat w DNA kręgosłupie taki że DNA zostać cienkim. W uszkadzającym DNA, negatywnie - ładować fosfat grupy migrują wzdłuż osi DNA, i to pozwoli molekułę zginać łatwo. Wierzymy mnie jesteśmy ten różnicą w uszkadzającym i nietkniętym DNA który rozpoznają enzymy."

Haranczyk powiedział to był pierwszy kwantowy chemii symulacja przeglądać taki wielkiego biologicznego system--w tym wypadku, DNA czerep robić up 350 atomów. "Z systemem w ten sposób dużym, jeden no może robić to jakby bez superkomputeru praca. Na szczęście, dostęp jeden światu 10 potężni komputery," mieścimy przy W.R. Wiley nauk Środowiskowy Cząsteczkowy laboratorium na PNNL kampusie.

http://www.pnl.gov