Datoren modellerar av skadada DNA-krökningar härskar

Våra knä kan bli styva när de såras, men bankat upp DNA blir böjligt, föreslår att den mest specificerade datoren modellerar av skadad DNA hitintills. Vidare förklarar denna böjlighet hur huvuddelens enzym känner igen och fixar skadad DNA.

”Finns Det en raddadiskussion i litteraturen om, hur skadad DNA känns igen av repareraenzymen,” sade Maciej Haranczyk, en bemannaforskare på Avdelningen av Energis det Stillahavs- Northwest MedborgareLaboratoriumet i Richland, Wash. ”Föreställer strömmen är att DNA för krökningen för några enzym skadad för att att reparera förändrade fragment. Men inget visste därför skadad DNA var mer känslig till att böja.”,

Haranczyk och kollega simulering som anmälas Söndagen på för Samhällemedborgare för Amerikanen det Kemiska mötet, erbjuder en förklaring. Först programmerade de en kemisk ändring till ett intakt DNA-fragment. Som med verklig DNA, den simulerade molekyl blev ryggrad förvriden, och dess basera parar förflyttat. Den strukturella ändringen motsvarade med en ändring i molekylen formar, i dess energi och hur elektriska laddningar är den utdelade alltigenom molekylen.

”Är Alla dessa särdrag viktiga i enzymatic erkännande av den skadada platsen,”, sade Haranczyk. ”I vårt modellera, skada startar en omorganisering av socker-phosphaten i sådan DNA'SENS ryggrad att DNAEN blir tunnare. I skadad DNA negativt - laddade phosphategrupper migrate längs axeln av DNAEN, och det låter molekylen till krökningen lätt. Vi tror den är denna skillnad i den skadada och intakt DNAEN som enzymen känner igen.”,

Haranczyk sade att denna var den första quantumkemisimuleringen som granskar ett sådan stort biologiskt system--i detta fall ett DNA-fragment som göras upp av 350 atoms. ”Med ett så stort system, ett kan inte göra denna sort av arbete utan en supercomputer. Lyckligtvis hade vi att ta fram till en av världens 10 kraftigaste datorer,” inhyst på W.R. Wiley Miljö- det Molekylära VetenskapsLaboratoriumet på PNNL-universitetsområdet.

http://www.pnl.gov