Forskere har udviklet en ny molekylær værktøj, døbt "LigAmp," at pege på DNA-mutationer blandt tusinder af celler, der svarer til at søge efter en enkelt slåfejl i et helt bibliotek af bøger. Indledende undersøgelser i et lille antal cellelinjer og kropsvæsker vise ultra-sensitive test kan hjælpe med at registrere mikroskopiske kræft og HIV medicinresistens.
"Andre molekylære tests gør det meget vanskeligt at placere en mutation i et bestemt celle omgivet af tusindvis af andre celler, der ikke har mutationen," siger James Eshleman, MD, Ph.D., der ledede undersøgelsen med kolleger fra Johns Hopkins Institut for Patologi og Kimmel Cancer Center . "LigAmp hovedsagelig filtrerer baggrundsstøj 'støj' på grund af normale celler og afslører specifikke mutationer."
Forskerne siger, at følsomme tests for at lokalisere mutationer kan identificere kræft hos patienter med høj risiko for sygdommen. Sådanne test kunne endda hjælpe med at opdage en gentagelse af kræft ved at overvåge, hvorvidt antallet af mutationer stiger over en forudbestemt tærskelværdi.
Ud over kræft opdagelse, synes Hopkins mutation-Finder i stand til at opdage resistente HIV. Holdet testede det på blodprøver fra en håndfuld af patienter med HIV og ligger DNA-fejl i selve virus, der gør det resistent over for visse antiretrovirale lægemidler. Resultater af analyser af den nye test er offentliggjort i november-udgaven af Nature Methods.
"Vi har designet LigAmp til at forbedre, hvordan vi ser for meget subtile variationer i virale og cellulære DNA," siger Eshleman, en lektor i patologi og onkologi og Associate Director for DNA Diagnostics Laboratory på Johns Hopkins. "Den molekylære kode normale celler kan se identisk med kræft med undtagelse af et enkelt trin i DNA stigen-struktur."
Testen fungerer ved at skabe en molekylær "magnet" med en affinitet til DNA-fejl, også kendt som et punkt mutation. Hvis mutation er fundet, magneten bindes til det og indsætter et bakterielt gen. Den bakterielle genet fungerer som et rødt flag og producerer en fluorescerende farve synlig for kraftig computer-programmer.