Tutkimus, joista voisi olla hyötyä sairaanhoito- ja elintarviketurvallisuus tutkimus tutkijoiden on käytetty vertaileva genomitutkimus Työkalut Etsi vihjeitä siitä, miksi jotkin bakteeria Campylobacter kannat, – jotka vuosittain aiheuttaa ruoansulatuskanavaan taudin tapauksia yli 400 miljoonaa – ovat enemmän bakteerikannan kuin toiset.
Tutkimus, jossa näkyy PLoS Biologytammikuuta 2005 ongelman, vertaa kahden kantojen Campylobacter jejuni – useimmiten liittyvät ihmisten sairauksien lajien – täydellinen genomin sekvenssien ja täydentää kyseisen analyysin vertailemalla kanssa kolmen muun Campylobacters, mukaan lukien yksi laji, joka voi olla kehittyvien taudinaiheuttajan Afrikassa enimmäkseen valmis numerosarjat.
Niiden analyysi tutkijoiden löytyi joukko geenien, voi olla joitakin Campylobacter kantojen virulenssin kuin ihmisten patogeeneihin tiiviisti. Ne todettiin myös järjestys vaihtelut joukossa neljä Campylobacter isolaattien, mukaan lukien uuden osuuksilla DNA-kohteessa genomin sequences paikoilleen liittyvät suurten rakenteellisten erojen. "Lisäykset" ja muiden geenien vaihtelut voivat auttaa ymmärtämään tutkijoiden miksi on merkittäviä eroja eri Campylobacter kantojen biologia.
Derrick Fouts, tiedemies instituutissa genomiikan tutkimus (TIGR) , joka on PLoS paperin ensimmäinen tekijä "Käyttämällä vertaileva genomitutkimus, Olemme kehittäneet tämän perheen bakteerien, analyysi Sinikopio" sanoo. "Tämän tutkimuksen säädetään lisätutkimuksia, jotka voivat auttaa uusia tapoja tunnistaa ja hallita bakteerit tutkijoiden säätiön."
Fouts, jotka tutkimukset bacteriophages (viruksia, jotka saastuttavat bakteerien), sanoo genomin vertailu tunnistaa uusina phages Campylobacters. Yksi näistä phages on kehitetty geneettisen manipuloinnin tavalla, joka hyödyttäisi elintarvikkeiden turvallisuutta tai terveyttä mikrobiologista välineenä mahdollisuudet, hän lisää.
TIGR n genomin sekvensointi ja Campylobacter bakteerien – TIGR liittää tutkijan Karen E. Nelson johtaman hankkeen – analyysi oli tehty yhteistyössä tutkijoiden on Yhdysvaltain Department of Agriculture (USDA)kanssa. USDA oli koko projektin sponsori.
USDA tutkijoiden William Miller, Craig Parker ja Robert Mandrell – jotka tutkia tapoja parantaa molekyyli tunnistus, eriyttäminen ja mittausten peruskannan Campylobacter osoitteessa tuottaa turvallisuutta ja mikrobiologian tutkimus yksikön (PSMRU) USDA-ARS Western alueellisten tutkimus-Center Albany, CA – edellyttäen neljä Campylobacter kantojen TIGR sekvensointi ja analysointia varten. Valinta perustui mielenkiintoisia ominaisuuksia kantojen, kuten virulenssi, huumausaineiden vastustuskyky tai yhteenliittymä kliinisiä sairauden kanssa.
Vuonna 2000 tutkijoiden oli julkaistu ensimmäinen genomin Campylobacter lajin – C. jejuni – joita käytetään mallina opiskella patogeenisten bakteerien lomakkeita, mutta jotka ehkä menettänyt joitakin sen virulenssin geenien välityksen laboratorioissa vuoden aikana. Uuden tutkimuksen TIGR ja yhteiskäyttäjiä verrattuna kyseisen kurssin kanta C. jejuni RM1221 kanta, jotka on eristetty kanan ihon ja todettiin olevan tehokas colonizer kana ruoansulatuskanavan muukalaisvihamielisiä USDA-ARS-kurssin tehtäväsarjan.
PLoS tutkimuksen vertasi myös sen ei-aivan-loppuun DNA-sekvenssien kanan; eristetty multidrug-resistenttien C. coli-kannan kaksi C. jejuni-genomitutkimuksen C. lari kanta (kliiniset isolaatti), joka liittyy ihmisten sairauksien; ja C. upsaliensis kanta Afrikan lapsen kanssa Guillain-Barrén oireyhtymä eristetty. Vertaileva järjestys-tietoja, jotka on puhdistettu, kun Tutkijat tutkivat, miten geenin sekvenssiä liittyvät geenien, kävi ilmi ensimmäisen analyysin:
-
Kohdistimen elementtejä, jotka ovat faagilyysitestillä tai plasmidit ja oletettuun lysogenic faagilyysitestillä jäännökset, jotka muistuttavat Mu faagilyysitestillä läsnä muiden bakteerien;
-
Megaplasmids (pyöreä DNA rakenteiden ulkopuolella, kromosomipoikkeavuuksia), jotka sisältävät uusina geenejä;
-
Very disappointed geenien, joita voidaan käyttää arvopisteiden merkit tunnistaa kehittymässä lajeihin;
-
Lukuisia muuttuva polynucleotide toistetaan Campylobacter; kehittymässä lajit ja
-
Uusina geenien koodaus tai muokkaamalla hiilihydraatin pinta rakenteita.
"Vertailevan genomin sekvenssien antaa tutkijoiden joitakin uusia ideoita parempi valvonta ja tunnistaa näiden organismien" sanoo TIGR n Nelson, tutkimuksen johtavien tekijä. Hän ja Fouts sanoa myös tutkimuksen on auttanut tutkijoiden ymmärtää paremmin Campylobacter lajien kehityskelpoisella suhteet. Lisäksi faagilyysitestillä ja genomin analyysi, löysi megaplasmids voi tuotto johtolankoja lajien sisäisestä ja - sivuttaista siirtoon DNA Campylobacter kantojen välillä.