In een nieuwe studie, onderzoekers presenteren een 'waarschuwend verhaal "over wat er mis kan gaan bij het gebruik van de nog jonge wetenschap van proteomics om een diagnostische test voor kanker te ontwikkelen.
In de 16e februari nummer van het tijdschrift van de National Cancer Institute, onderzoekers van de Universiteit van Texas MD Anderson Cancer Center detail waarom een experimentele test bedoeld om vroegtijdig te identificeren kanker van de eierstokken van een kleine steekproef van het bloed is onwaarschijnlijk dat leiden tot een betrouwbare klinische test meteen.
Na het uitvoeren van herhaalde controles van de gegevens die de test de effectiviteit wordt ondersteund, zeggen de onderzoekers hun bevindingen blijkt dat beweringen over de experimentele eiwit-gebaseerde test niet biologisch plausibel.
"Wij zien dit als een waarschuwend verhaal. Als je niet voorzichtig bent met deze nieuwe technologie, wiens eigenaardigheden we niet volledig begrijpen, vindt u resultaten die kunnen worden veroorzaakt door iets anders dan de biologie", zegt de studie hoofdauteur, Keith Baggerly, Ph.D., een universitair hoofddocent bij de afdeling Biostatistiek en Toegepaste Wiskunde.
Hij voegt eraan toe dat deze studie "de noodzaak voor onderzoekers om normen die aan proteomics onderzoek uit te voeren set illustreert,", wat betekent dat de protocollen die betrokken zijn bij deze onderzoeken dienen voor te komen in laboratoria, zodat de resultaten van een lab kan worden gecontroleerd door anderen.
"We gaan in die richting," voegt hij toe. "De technologie wordt gebruikt om een verscheidenheid van proteomics diagnostische tests te ontwikkelen wordt steeds beter en we krijgen meer reproduceerbare resultaten."
Onderzoekers over de hele wereld zijn enthousiast over het idee van het gebruik van eiwit "barcodes" om individuele tumoren te identificeren voordat de symptomen verschijnen, maar Baggerly en anderen beweren dat de belofte van dit nieuwe terrein van proteomics nog niet is voldaan omdat het moeilijk bij het vinden van complexe, reproduceerbare patronen van eiwitten.
Volgens naar Baggerly, dat lijkt nu het geval te zijn met de experimentele eierstokkanker te testen aan de orde, die voor het eerst werd in 2002 voorgesteld door onderzoekers in het tijdschrift, The Lancet. Dat de studie gerapporteerd dramatische resultaten met behulp van massaspectrometrie om te zoeken naar een patroon van eiwitten in het bloed. In een aantal sets van de geblindeerde monsters, de test vastgesteld, moeten alle patiënten die kanker van de eierstokken en slechts een verkeerde diagnose drie gezonde individuen.
Maar onder anderen die vervolgens getest van de studie gegevens van reproduceerbaarheid waren Baggerly en zijn collega's (Kevin Coombes, Ph.D., en Jeffrey Morris, Ph.D., van MD Anderson Cancer Center, en Sarah Edmonson, MD, van de Baylor College of Geneeskunde). Ze zeggen dat de kwestie draait om de manier waarop de massa-spectrometer gegevens werden geanalyseerd.
Een massaspectrometer is een instrument dat de concentratie van honderden eiwitten kunnen kwantitatief te meten van een enkel monster. Kortom, het doet dit door middel van een elektrische stroom naar geïoniseerde proteïnen voort te bewegen in de richting van een detector. Het aantal ionen raken van de detector bij elke massa-lading-verhouding (ook wel bekend als m / z ratio) is opgenomen om een eiwit spectrum te produceren. Een piek in de grafiek van het spectrum staat voor een eiwit (en waarvan de identiteit is vaak onbekend).