In einer neuen Studie stellen Forscher eine „Vorsichtsgeschichte“ über dar, was schief gehen kann, wenn es die Wissenschaft des gewordenen Vogels von proteomics verwendet, um eine Diagnoseprüfung für Krebs zu planen.
Im Punkt Am 16. Februar des Zapfens des Nationalen Krebsinstituts, führen Forscher von der Universität der Krebs-Mitte Texas M.D. Anderson einzeln auf, warum eine experimentelle Prüfung, die frühen Eierstockkrebs von einer kleinen Probe des Bluts kennzeichnen soll, unwahrscheinlich, zu eine zuverlässige klinische Prüfung sofort zu führen ist.
Nachdem sie wiederholte Checks der Daten geleitet haben, die die Wirksamkeit der Prüfung unterstützten, sagen die Forscher, dass ihre Ergebnisse anzeigen, dass Ansprüche über die experimentelle proteinbasierte Wertbestimmung nicht biologisch plausibel sind.
„Wir sehen dieses als Vorsichtsgeschichte an. Wenn Sie nicht mit dieser neuen Technologie achtgeben, deren Verschrobenheiten wir nicht völlig verstehen, können Sie Ergebnisse finden, die möglicherweise an etwas anders als Biologie liegen,“ sagen den führenden Autor der Studie, Keith Baggerly, Ph.D., einen außerordentlichen Professor in der Abteilung von Biostatistik u. Angewandte Mathematik.
Er fügt hinzu, dass diese Studie „den Bedarf an den Forschern darstellt, Standards einzustellen, durch die proteomics Forschung leiten,“ Bedeutung, dass die Protokolle, die in diese Untersuchungen mit einbezogen werden, über Labors geläufig sein sollten, damit Ergebnisse von einem Labor durch andere überprüft werden können.
„Wir ziehen in diese Richtung um,“ fügt er hinzu. „Die Technologie, die verwendet wird, um eine Vielzahl von proteomic Diagnoseprüfungen zu entwickeln, erhält besser und wir erhalten reproduzierbarere Ergebnisse.“
Forscher weltweit werden über den Begriff der Anwendung des Proteins „Barcodes“, um einzelne Krebse zu kennzeichnen erregt, bevor Anzeichen erscheinen, aber Baggerly und andere warten, dass das Versprechen dieses auftauchenden Bereichs von proteomics nicht noch an der Schwierigkeit getroffenes gelegen hat, wenn es die komplexen, reproduzierbaren Muster von Proteinen fand.
Entsprechend Baggerly scheint der jetzt, der Fall mit der experimentellen Prüfung Eierstockkrebses am Punkt, der zu sein zuerst im Jahre 2002 von den Forschern im Zapfen vorgeschlagen wurde, Lanzette. Diese Studie meldete drastische Ergebnisse unter Verwendung der Massenspektrometrie, um nach einem Muster von Proteinen im Blut zu suchen. In einigen Sets der geblendeten Proben, entdeckte die Prüfung alle Patienten, die Eierstockkrebs hatten und diagnostizierte nur drei gesunde Einzelpersonen falsch.
Aber unter anderem, wer nachfolgend prüfte, waren die Daten der Studie für Reproduzierbarkeit Baggerly und seine Kollegen (Kevin Coombes, Ph.D. und Jeffrey Morris, Ph.D., von der Krebs-Mitte M.D. Anderson und von Sarah Edmonson, M.D., von Baylor-College von Medizin). Sie sagen die Punktmitten auf, wie die Massenspektrometerdaten analysiert wurden.
Ein Massenspektrometer ist ein Instrument, das die Konzentration von Hunderten von den Proteinen von einer einzelnen Probe quantitativ messen kann. Kurz Gesagt tut es dies, indem es einen elektrischen Strom verwendet, um ionisierte Proteine in Richtung zu einem Detektor anzutreiben. Die Anzahl von den Ionen, die den Detektor an jedem Masse-zuladung Verhältnis schlagen (alias m-/zverhältnis) wird aufgezeichnet, um ein Proteinmuster zu produzieren. Eine Spitze im Diagramm des Spektrums stellt ein Protein dar (deren Identität häufig unbekannt ist).