Vergeleken met een lang-gebruikt lineair model, is een op correlatie-gebaseerde statistische methode een betrouwbaardere manier om complexe geninteractie in kaart te brengen en genen aan te wijzen die de potentiële doelstellingen van de kankerbehandeling, volgens het nieuwe onderzoek van Brown University kunnen zijn.
Het onderzoek is belangrijk omdat het een het beloven nieuw hulpmiddel beschrijft om menselijke genaanslutingen, een taak te vinden kritiek voor het begrip van en het behandelen van kanker en andere ziekten. De Resultaten leken deze week in de online uitgave van de Werkzaamheden van de Nationale Academie van Wetenschappen.
De „Genen beïnvloeden elkaar op vele ingewikkelde manieren,“ bovengenoemde Kuiper Leon, professor van fysica en neurologie en directeur van het Instituut voor Hersenen en Neurale Systemen bij Bruin. „Wat wij nodig hebben is een kaart, of netwerk, van deze links. Wat wij in dit project hebben geïdentificeerd is een efficiëntere methode om deze kaart te maken.“
Het onderzoeksteam - dat wetenschappers van de gebieden van biologie, fysica, statistieken en computerwetenschap bij Bruin, Università Di Bologna in Italië en de Universiteit van Tel Aviv in Israël omvatte - trachtte een vraag te beantwoorden. Wanneer een dodelijke „oncoprotein“ is, welke kettingreactie ingeschakeld van genactiviteit het vertrok?
De proteïne, c-Myc, brengt cellen ertoe om zich te vermenigvuldigen. Als de proteïne geproduceerde ongecontroleerd is, kan het borst, dubbelpunt en andere soorten kanker veroorzaken. C-Myc draagt tot meer dan 70.000 sterfgevallen in de Verenigde Staten bij elk jaar.
Zodra de schakelaar c-Myc wordt geworpen, beginnen duizenden andere genen pompend uit proteïnen of andere genen in te schakelen, die nog meer genen activeert. Één manier zou om dit Web van aanslutingen te bestuderen zijn de kettingreactie te veroorzaken en het te bestuderen in tijd. Om te maken dat gebeurt, kwamen de Bruine onderzoekers met een knap experiment op de proppen.
John Sedivy, een oude onderzoeker c-Myc en de directeur van het Centrum van het Bruin voor Genomica en Proteomics, ontwikkelden rattencellen die het gen c-Myc niet hadden. Deze cellen werden verder gewijzigd om een vorm van de proteïne te maken c-Myc, die zou kunnen worden ingeschakeld of weg door de hormoonbehandeling tamoxifen.
Één partij cellen werd behandeld met tamoxifen, dan oogstte één, twee, vier, acht 16 later uren. Een Andere partij cellen kreeg werd niet de drug maar geoogst tijdens het zelfde tijdframe.
Analyse van genactiviteit in de experimenten wordt de geproduceerd openbaarde 1.191 mogelijke spelers in het c-Myc gennetwerk dat. Een statistisch die team, door Gastone Castellani wordt geleid, een verwante onderzoekprofessor met het Instituut voor Hersenen en Neurale Systemen en een professor bij Università Di Bologna, testten twee methodes proberen om dit netwerk te modelleren.
Men was het lineaire Markov model, een decennium-oud die hulpmiddel wordt gebruikt om alles van sportenstatistieken aan taalproductie te kraken. Andere was een correlatiemethode op netwerktheorie wordt gebaseerd, die is gebruikt om complexe systemen zoals machtsnetten en neurale netwerken te verklaren dat.