Dibandingkan dengan model lama yang digunakan linier, metode korelasi berbasis statistik adalah cara yang lebih handal untuk memetakan gen interaksi yang kompleks dan menentukan gen yang mungkin menjadi target potensial kanker pengobatan, menurut baru Universitas Brown penelitian.
Penelitian ini penting karena menggambarkan alat baru yang menjanjikan untuk melacak koneksi gen manusia, sebuah tugas penting untuk memahami dan mengobati kanker dan penyakit lainnya. Hasil muncul minggu ini dalam edisi online dari Prosiding National Academy of Sciences .
"Gen mempengaruhi satu sama lain dalam cara yang rumit banyak," kata Leon Cooper, profesor fisika dan ilmu saraf dan direktur Institut untuk Sistem Otak dan Neural di Brown. "Apa yang kita butuhkan adalah peta, atau jaringan, link ini. Apa yang kita telah mengidentifikasi dalam proyek ini adalah metode yang lebih efektif untuk membuat peta ini. "
Tim peneliti - yang termasuk ilmuwan dari bidang biologi, fisika, statistik dan ilmu komputer di Brown, Università di Bologna di Italia dan Tel Aviv University di Israel - berangkat untuk menjawab pertanyaan. Ketika sebuah "onkoprotein" mematikan diaktifkan, apa reaksi rantai aktivitas gen apakah itu berangkat?
Protein, c-Myc, menyebabkan sel untuk berkembang biak. Jika protein yang diproduksi dicentang, dapat menyebabkan payudara, kolon dan jenis kanker lainnya. C-Myc memberikan kontribusi lebih dari 70.000 kematian di Amerika Serikat setiap tahun.
Setelah saklar c-Myc adalah dilemparkan, ribuan gen lainnya mulai memompa keluar protein atau beralih pada gen lain, yang mengaktifkan gen masih lebih. Salah satu cara untuk mempelajari web ini akan koneksi untuk menonaktifkan reaksi berantai dan mempelajarinya dari waktu ke waktu. Untuk membuat itu terjadi, peneliti Brown datang dengan percobaan pintar.
John Sedivy, waktu panjang c-Myc peneliti dan direktur Pusat Brown Genomics dan Proteomika, mengembangkan sel-sel tikus yang kekurangan gen c-Myc. Sel-sel ini lebih lanjut diubah untuk membuat bentuk protein c-Myc, yang dapat diaktifkan atau dimatikan oleh tamoxifen terapi hormon.
Satu batch sel diperlakukan dengan tamoxifen, kemudian dipanen satu, dua, empat, delapan dan 16 jam kemudian. Batch lain sel tidak mendapatkan obat, tetapi dipanen dalam kurun waktu yang sama.
Analisis aktivitas gen yang dihasilkan dalam percobaan menunjukkan 1.191 pemain mungkin dalam jaringan gen c-Myc. Sebuah tim statistik, yang dipimpin oleh Gastone Castellani, seorang profesor asosiasi penelitian dengan Institut Otak dan Sistem Syaraf dan seorang profesor di Università di Bologna, diuji dua metode untuk mencoba model jaringan ini.