研究者は有望で新しい遺伝子のネットワーク解析方法を開発します

ずっと使用された線形モデルと比較されて、相関関係ベースの統計的な方法は潜在的な癌治療ターゲットのかもしれない正確な遺伝子および新しいブラウン大学の研究に従って複雑な遺伝子の相互作用をマップするより信頼できる方法です。

研究は人間の遺伝子の接続、癌および他の病気を理解し、扱うために重大なタスクをトレースするための有望な新しいツールを記述するので重要です。 結果は国家科学院の進行のオンライン版で今週書かれていました。

「遺伝子多くの複雑な方法で互いに影響を及ぼします」、はブラウンで物理学および神経科学のレオンのたる製造人、教授および頭脳のための協会および神経系のディレクターを言いました。 「これらのリンクのマップ、またはネットワークが、あるか私達が必要とする何。 私達がこのプロジェクトで識別した何をですこのマップを作るためのより有効な方法」。

ブラウン、イタリアの Universita? di Bologna および質問に答えるために着手されるイスラエル共和国のテル・アビブ大学の生物学、物理学、統計量およびコンピュータ・サイエンスのフィールドからの含まれた科学者 - 調査チーム。 いつ致命的な 「oncoprotein」、遺伝子作業のどんな連鎖反応がそれ引き起こしますつけられますか。

蛋白質により、 c-Myc、セルは増加します。 蛋白質が作り出された抑えられなければ、により癌をの胸、コロンおよび他のタイプ引き起こすことができます。 C-Myc は米国の 70,000 以上の死に毎年貢献します。

より多くの遺伝子をまだ作動する c-Myc スイッチが投げられれば、たくさんの他の遺伝子は蛋白質をポンプでくむか、または他の遺伝子をつけ始めます。 接続のこの網を調査する 1 つの方法は連鎖反応を引き起こし、一定時間にわたり調査することです。 作るためには起こる、ブラウンの研究者は利発な実験を思い付きました。

ジョン Sedivy、長い間の c-Myc の研究者およびゲノミクスおよび Proteomics の c-Myc の遺伝子に欠けていた開発されたラットのセルのためのブラウンの中心のディレクター。 これらのセルは更にホルモン治療の tamoxifen によって切替えられたオン/オフ行うことができる c-Myc 蛋白質の形式を作るために修正されました。

セルの 1 つのバッチは tamoxifen と扱われましたり、そして後で 1、 2、 4 の、 8 のそして 16 時間収穫しました。 セルの別のバッチは薬剤を得ませんでしたが、組み立てます同じ時期に収穫されました。

実験で生成された遺伝子作業の分析は c-Myc の遺伝子ネットワークの 1,191 人の可能なプレーヤーを明らかにしました。 このネットワークを模倣することを試みるために 2 つの方法テストされる頭脳および神経系のための協会および Universita? di Bologna で教授を持つ Gastone Castellani、仲間の研究教授著導かれる統計的なチーム。

1 つは線形 Markov モデル、スポーツの統計量からの言語生産にすべてを砕くのに使用されたディケイド古いツールでした。 他は電力網およびニューラルネットワークのような複雑なシステムを説明するのに使用されていた回路網理論に基づく相関関係方法でした。

実験データに両方の統計的な方法を適用した後、チームは相関関係方法がより有効で分析的なツールだったことが分りました。 方法は tamoxifen の処置の後で捕獲の遺伝子ネットワーク変更に十分に敏感で、かなり c-Myc のアクティブ化によって変わった 130 の遺伝子のリストを作り出します。 この方法はまた信頼できました。 研究者が改造したときにデータはポイントを、それらのネットワーク変更消えました時間を計ります。

それに対して、線形 Markov モデルによって組み立てられた遺伝子ネットワークは tamoxifen の効果に無感覚ようです。 研究者が混ぜた時でさえデータはポイントを、ネットワークようです主として不変だった時間を計ります。

「回路網理論ずっとイーストのような簡単な種のゲノムの分析で巨大に報知的です」はと Sedivy は言いました。 「ここに、理論は大いに複雑なシステムに適用されます: 人間。 全面的な概念 - 時系列統計量および回路網理論の組合せは実験し、 - はかなり新しいです。 これは遺伝子発現の調査へ重要で新しいアプローチべきです」。

調査チームはまた Brenda O'Connell およびブラウン大学からの Nicola Neretti を含んでいます; Universita? di Bologna からのダニエル Remondini; そしてブラウン大学およびテル・アビブ大学の地位の掌握 Nathan Intrator。

健康、 Ministero の dell'Instruzione、 dell'Università e の della Ricera、頭脳および神経系のための協会およびブラウン大学の研究の副大統領のオフィスの各国用協会は作業に資金を供給しました。

http://www.brown.edu/