Сравнено с длинн-используемой линейной моделью, корреляци-основанный статистически метод более надежный путь отобразить сложные взаимодействия гена и заострить внимание гены которые могут быть потенциальными целями лечения рака, согласно новому исследованию Университета Брайна.
Исследование важно потому что оно описывает перспективнейший новый инструмент для трассировать людские соединения гена, задачу критическую для понимать и обрабатывать рак и другие заболевания. Результаты появились эта неделя в он-лайн варианте Продолжений Государственной Академии Наук.
«Гены влияют на одно другое в много затейливых путей,» сказал Бондарю Леона, профессору физики и нейронауки и директору Института для Мозга и Нервных Систем на Брайне. «Что нам карта, или сеть, этих соединений. Чего мы определяли в этом проекте более эффективный метод для делать эту карту.»
Научно-исследовательская группа - которая включенные научные работники от полей биологии, физики, статистик и компьутерных наук на Брайне, Università di Болонья в Италии и Университета Тель-Авив в Израиле - установите вне для того чтобы ответить вопрос. Когда смертельное «oncoprotein» включена, какая цепная реакция деятельности при гена оно устанавливает?
Протеин, c-Myc, причиняет клетки умножить. Если протеин произведенное непроверенное, то он может причинить грудь, двоеточие и другие типы рака. C-Myc способствует до больше чем 70.000 смертей в Соединенные Штаты каждый год.
Как Только переключатель c-Myc брошен, тысячи других генов начинают нагнести вне протеины или переключить дальше другие гены, который активирует все еще больше генов. Один путь изучить эту сеть соединений был бы установить с цепной реакции и изучить его над временем. Сделать которое случается, исследователя Брайна пришли вверх с ухищренным экспериментом.
Джон Sedivy, долгосрочный исследователь c-Myc и директор Центра Брайна для Геномики и Proteomics, начатых клеток крысы которые нуждались гене c-Myc. Эти клетки более добавочно были доработаны для того чтобы сделать форму из протеина c-Myc, который смог быть переключенные включено-выключено tamoxifen обработки инкрети.
Одна серия клеток была обработана с tamoxifen, тогда сжала один, 2, 4, 8 и 16 часы более поздно. Другая серия клеток не получила снадобье а была сжата во время таких же рамок времени.
Анализ деятельности при гена произведенный в экспериментах показал 1.191 возможного игрока в сети гена c-Myc. Статистически команда, водить Gastone Castellani, профессором исследования сподвижницы с испытанным Институтом для Мозга и Нервных Систем и профессором на Università di Болонья, 2 методам попробовать моделировать эту сеть.
Одно было линейной Markov моделью, декад-старым инструментом используемым для того чтобы хрустнуть все от статистик спортов к продукции языка. Другое был методом корреляции основанным на теории сети, которая была использована для того чтобы объяснить комплексные системы как решетки силы и нервные системы.