טכנולוגיה לניתוח ביטוי גנים חייב להיות אחיד בקרב מעבדות ברחבי פלטפורמות ברחבי העולם כדי לתמוך גיל זו של חקר הגנום האנושי, אורגון לבריאות ומדע באוניברסיטת החוקר אומר.
אחרת, מדענים באמצעות microarrays DNA, הידוע גם בשם שבבי גנים, להסתכן תוצאות המחקר שלהם בספק, אמר פיטר ספנסר, דוקטור, פרופסור לנוירולוגיה בבית הספר לרפואה של OHSU .
ספנסר, מנהל המרכז לחקר OHSU טוקסיקולוגיה תעסוקתית וסביבתית, במשותף עם מספר עמיתים OHSU אחד משלושה מאמרים על microarrays המופיע החודש כתב העת Nature Methods. הם מראים כי מופרדים גיאוגרפית החוקר רב צוותי אימוץ מסחרי משותף, ולא, פלטפורמות מתוצרת microarray וקובע משותף של נהלים מסוגלים להפיק נתונים להשוואה.
"הנקודה החשובה של שלושת העיתונים היא עם פלטפורמות microarray העכשווי, יש לנו שיטה אמינה יחסית שבה להעריך ביטוי גנים, אנחנו יכולים לעשות כל כך reproducibly בתוך מעבדה יחיד, ואנחנו יכולים להיות בטוחים כי תוצאה דומה יושג אם הניסוי הוא חזר למקום אחר ", אמר ספנסר.
שבבי גנים המכילים עשרות אלפי טיפות זעירות המכילות רצפים שלמים של התא הגן פרושים על המיקרוסקופ שקופית אחת על ידי המהיר מכונות רובוטיות. המדענים לקבוע את אופן הביטוי של גנים בודדים מופעלת למעלה או למטה על ידי הצבת עותקים של מולקולות DNA או RNA שכותרתו עם צבעי ניאון בשקופית, ולבחון אם מולקולות אשר נקלטות על ידי גן מסוים נדלקות כאשר צפו עם סורק מיוחד.
על ידי חקירת אלפי גנים בעת ובעונה אחת, מדענים יכולים לאתר במהירות גנים המושפעים על ידי תרופות נבדקות לטיפול במחלות לב, מחלות נפש, מחלות זיהומיות וסרטן. בעבר, החוקרים היו מסוגלים רק כדי לנתח כמה גנים בעת ובעונה אחת, והם היו לעתים קרובות לא ברור אם אלה היו חשובים ביותר.
הקבוצה של ספנסר הוא שימוש בטכנולוגיה בשני המכון הלאומי למדעי בריאות הסביבה (NIEHS) מרכזי בהנהגת CROET - אחד עם אורגון סטייט ואת באטל ריצה Pacific Northwest National Laboratory מתמקד המנגנונים כימיקלים Superfund עם תכונות neurotoxic; השני עם OHSU הספר לרפואה של המחלקה לרפואת ילדים מתמקד neurotoxicogenomics ובריאות הילד.
Srinivasa Nagalla, MD, פרופסור לרפואת ילדים, ביולוגיה של התא והתפתחותית, OHSU הספר לרפואה, שהוביל את המחקר הראשוני ביואינפורמטיקה שתמכו פרסום שיטות הטבע.
"שבב גנטי הוא מהפכה בתחום הטכנולוגיה אשר קיווה במהירות כדי לקדם את ההבנה של מנגנונים ושיטות ביולוגיות על מנת להעריך את מעשיו ואת ההשפעות של תרופות וכימיקלים," אמר ספנסר, אשר ההערכות ישנם "מאות אם לא אלפי" של מעבדות ברחבי המדינה באמצעות microarrays DNA.
פלטפורמות microarray נכנסו לשימוש נרחב לפני כחמש שנים. חלוצים בתחום השבבים שלהם נבנה הגן, אבל אלה עכשיו הוחלף פלטפורמות מסחר הרבה יותר אמין כי להפיק נתונים לשחזור מאוד. אחד מהם משמש CROET ועוד על ידי מתקן המערבית של OHSU microarray משאב קמפוס.
"זה אפשר לקנות רובוט אשר ייקח כמה עותקים של RNA על סיכה קטנה ואז כותבים כי בשקופית זכוכית שוב ושוב עד אחד יכול לבנות מאות אלפי נקודות שונות על מערך זה זכוכית," אמר ספנסר.
אבל כמו פלטפורמות מסחר משופרים לאורך זמן, מעבדה רבים או "בית בנוי" פלטפורמות לא, הוא אמר. "את פירות המחקר שנעשה על כמה פלטפורמות מוקדם מסחרי תוצרת בית המוקדמות נכנסו לספרות, אבל פלטפורמות לא היו אמינים, כי הם לא להניב תוצאות לשחזור."