La tecnologia per l'analisi di espressione genica deve essere standardizzato tra i laboratori e le piattaforme in tutto il mondo a sostegno di questa età delle esplorazioni genoma umano, l' Oregon Health & Science University ricercatore dice.
In caso contrario, gli scienziati con DNA microarray, noto anche come gene chip, il rischio di avere i risultati della ricerca messa in discussione, ha dichiarato Peter Spencer, Ph.D., professore di neurologia alla Scuola di Medicina OHSU .
Spencer, direttore del Centro per la Ricerca sul OHSU Tossicologia occupazionale e ambientale, co-autore con alcuni colleghi OHSU uno dei tre articoli su microarray che appaiono in questo mese sulla rivista Nature Methods. Essi mostrano che geograficamente separati multi-investigatore squadre adottando commerciale comune, piuttosto che fatti in casa, piattaforme di microarray e set comune di procedure in grado di generare dati comparabili.
"Il punto importante delle tre carte è che con le piattaforme microarray contemporanea, abbiamo un metodo relativamente affidabile con cui valutare l'espressione genica, possiamo fare in modo riproducibile all'interno di un singolo laboratorio, e possiamo essere sicuri che un simile risultato si otterrebbe se l'esperimento viene ripetuto altrove, "disse Spencer.
Gene chip contengono decine di migliaia di piccole goccioline contenenti sequenze intero gene di una cellula che sono disposte su un vetrino da microscopio solo da macchine robotiche in rapido movimento. Gli scienziati a determinare come l'espressione di singoli geni è girato verso l'alto o verso il basso mettendo copie di molecole di DNA o RNA marcati con coloranti fluorescenti sul vetrino, e valutare se le molecole che si legano a un particolare gene si illuminano quando vengono visualizzati con uno scanner speciale.
Interrogando migliaia di geni in una sola volta, gli scienziati possono identificare rapidamente i geni colpiti da farmaci in fase di sperimentazione per il trattamento di malattie cardiache, malattie mentali, malattie infettive e tumori. In passato, i ricercatori sono stati in grado di analizzare pochi geni alla volta, ed erano spesso incerto se questi sono stati di grande importanza.
Gruppo di Spencer sta usando la tecnologia in due National Institute of Environmental Health Sciences (NIEHS) centri guidato da CROET - uno con Oregon State University e il Battelle conduzione Pacific Northwest National Laboratory concentra sui meccanismi alla base di prodotti chimici Superfund con proprietà neurotossiche, l'altro con il OHSU School of Medicine Dipartimento di Pediatria si concentra sulla neurotoxicogenomics e la salute dei bambini.
Srinivasa Nagalla, MD, professore associato di pediatria, e di biologia cellulare e dello sviluppo, OHSU School of Medicine, ha guidato la ricerca iniziale bioinformatica che ha sostenuto la pubblicazione su Nature Methods.
"Il chip gene è una rivoluzione nella tecnologia che si spera rapidamente per far avanzare la comprensione dei meccanismi biologici e metodi per valutare le azioni e gli effetti dei farmaci e sostanze chimiche", ha detto Spencer, che stima vi siano "centinaia, se non migliaia" di laboratori di tutto il paese con DNA microarray.
Piattaforme di microarray si diffuse circa cinque anni fa. Pionieri nel campo costruito le loro chips gene, ma questi sono stati sostituiti da piattaforme commerciali molto più affidabili che generano dati altamente riproducibili. Uno di questi è usato da CROET e un altro da OHSU di risorsa West Campus impianto microarray.
"E 'possibile acquistare un robot che avrà alcune copie di RNA in un piccolo spillo e poi scrivere che su un vetrino ripetutamente fino a quando si può costruire centinaia di migliaia di punti diversi su questo array di vetro," disse Spencer.
Ma, come piattaforme commerciali migliorata nel tempo, molti di laboratorio o "casa-costruita" piattaforme non hanno, ha detto. "I frutti della ricerca fatta su alcune delle prime piattaforme fatte in casa e l'inizio del commerciale sono entrati nella letteratura, ma le piattaforme non erano affidabili, perché non ha prodotto risultati riproducibili."