必须在实验室中标准化分析的基因表达技术,并且在环球支持人类基因组探险的此年龄的平台间,俄勒冈健康 & 科学大学研究员说。
否则,使用脱氧核糖核酸微阵列,亦称基因的科学家在 OHSU 医学院切削,安排的风险他们的研究结果表示疑问,说彼得斯宾塞, Ph.D。,神经学教授。
斯宾塞, OHSU 中心的主任研究对职业和环境毒物学,合著与三个条款的几个 OHSU 同事一关于本月出现于日记帐本质方法的微阵列。 他们向显示地理分隔的多调查员合作采用公用商务,而不是自创,微阵列平台,并且公用套程序能生成可比较的数据。
“三份文件的重点是那与当代微阵列平台,我们有估计基因表达,我们可以在一个单个实验室内执行那么再现,并且我们可以确信一种近似结果是得到的一个相对地可靠方法,如果这个实验在别处被重复”, Spencer 说。
基因筹码包含包含在一张唯一显微镜幻灯片被计划由快行机器人设备的细胞的全部的基因顺序的数万微小的小滴。 科学家确定各自的基因表达式如何通过安置脱氧核糖核酸或核糖核酸分子的复制上上下下启用被标记的与荧光染料在这张幻灯片,和检查束缚对一个特殊基因的分子是否打开,当用一个特殊扫描程序查看。
由询问的千位基因立即,科学家能迅速精确定位药物的影响的基因被测试对待心脏病、精神病、传染病和癌症。 以前,研究员只能立即分析一些个基因,并且他们经常是不定的这些是否是重要性。
斯宾塞的组在二环境卫生 CROET 导致的科学 (NIEHS) 中心国民学院使用技术 - 一与俄勒冈州立大学和 Battelle 和平的西北国家实验室重点在强调 Superfund 化学制品与 neurotoxic 属性的结构; 其他与 OHSU 医学院小儿科的部门着重 neurotoxicogenomics 和儿童健康。
Srinivasa Nagalla, M.D.,小儿科和细胞和发展生物, OHSU 医学院副教授,导致支持本质方法发行的最初的分析复杂生物资料的学科研究。
“基因筹码是一次革命在迅速地被希望提前对生物结构和方法的了解估计药物和化学制品的活动和作用的技术”,说斯宾塞,使用脱氧核糖核酸微阵列,估计有 “数百,如果不是千位”实验室在这个国家(地区) 周围。
微阵列平台进入了普遍使用大约五年前。 在这个域的先驱修建了他们自己的基因筹码,但是这些被生成高度再现数据的更加可靠的商业平台现在替换了。 这些中的一个由 CROET 和别的使用由 OHSU 的西方校园微阵列资源设备。
“采购将采取核糖核酸的有些复制在一个小的针的然后写道的机器人是可能的在重复性一个载玻片,直到一个人可能加强在此玻璃列阵的数十万个不同的地点”, Spencer 说。
但是,当商业平台随着时间的推移改善了,许多实验室或 “家庭制造的”平台没有,他说。 “完成的研究的果子对某些早期的自创和早期的商业平台输入了这个文件,但是平台不是可靠的,因为他们没有导致再现结果”。
斯宾塞合著了本质方法学习,题为 “标准化全球基因表达分析在实验室之间和在平台间”,作为 Toxicogenomics 研究财团,成员学习的 NIEHS 导致的组一部分这条染色体如何在对环境致压力素和毒药的回应介入。
三年, NIEHS 研究比较了实验室制造的被察觉的长的低聚核苷酸微阵列和商业上生产的长的低聚核苷酸微阵列。 二个类型在七个财团实验室使用的 12 个微阵列平台中表示,生成从二个标准核糖核酸表达式范例的数据,从鼠标肝脏派生的一个和被采取的其他从几个鼠标机构组织。
根据这个研究,增殖率在平台之间和在实验室间一般是差的,但是在实验室之间的增殖率巨大增加到可接受水平,当商业微阵列使用了与标准化的协议为标记核糖核酸,处理微阵列,获取数据和其他要素。
“底线是,如果您使用商业平台,您获得非常数据的好多个实验室的一贯性和相关性”, Spencer 说。 “我们现在输入了我们可以前进确信我们把可靠的平台的一个新的时代”。
因为科学家探讨深到人和其他动物种类染色体在他们的搜寻查找治疗各种各样的疾病,并且这是特别重要的。
“人类基因组映射使这个生产这些微阵列成为可能”, Spencer 说。 “我们的利息在环境因素 - 药物,污染物,工作场所物质,自然毒素,食物化学制品,芬芳原材料,其他系数 - 如何影响或配合以这条染色体导致疾病。 那是大任务在我们前”。
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