Teknologi för analysering av genuttryck måste standardiseras bland laboratorium och över plattformar runt om världen för att stötta denna ålder av människagenomutforskning, en Vård- Oregon & något att säga för VetenskapsUniversitetarforskare.
Annorlunda riskerar forskare som använder DNA-microarrays, också som är bekant, som genen gå i flisor, att ha deras forskningresultat att kallas in i ifrågasätter, sade den Peter Spenceren, Ph.D., professor av neurology i OHSUEN Skolar av Medicin.
Spenceren direktören av OHSUEN Centrerar för Forskning på Yrkes- och Miljö- Toxicology, co-varat upphovsman till med flera OHSU-kollegor en av tre artiklar om microarrays som visas denna månad i föra journal överNaturMetoderna. De visar, att den geografiskt avskilda mång--utredaren teams adoptera vanligt reklamfilm, ganska, än hemlagat, microarrayplattformar, och vanligt uppsättningar av tillvägagångssätt är kompetent att frambringa jämförbara data.
”Pekar de viktiga av den tre legitimationshandlingar är det med samtidaa microarrayplattformar, har vi en förhållandevis pålitlig metod som att bedöma genuttryck, vi kan göra med så reproducibly inom ett individlaboratorium, och vi kan vara säkra, som ett liknande resultat skulle är erhållande, om experiment upprepas någon annanstans,” Spencer sade.
Genen gå i flisor innehåller tiotusentals mycket lilla liten droppe som innehåller en cells hela gen, ordnar som läggas ut på en singelmikroskopglidbana av den robotic fasta-flyttningen bearbetar med maskin. Forskare bestämmer, hur uttryckt av individgener vänds upp eller besegrar, genom att förlägga kopierar av DNA- eller RNAmolekylar som märks med fluorescerande färger på glidbanan, och undersöka huruvida molekylarna som röran till en ljus särskild gen upp, när du beskådas med en special bildläsare.
Genom att förhöra tusentals gener strax, kan forskare snabbt precisera gener som påverkas av droger som testas till festhjärtsjukdomen, mentalsjukdomen, smittsamma sjukdomar och cancer. I förflutnan var forskare endast kompetent att analysera några gener strax, och de var ofta osäkra dessa var huruvida av mest stor betydelse.
Spencer'sens grupp använder Medborgare för teknologi itu som Institutet av Miljö- Vård- Vetenskaper (NIEHS) centrerar ledde vid CROET - en med den Oregon Delstatsuniversiteten och Battelle-Körning det Stillahavs- Northwest MedborgareLaboratoriumet fokuserar på bakomliggande Superfund för mekanism kemikalieer med neurotoxic rekvisita; annat med OHSUEN Skolar av Medicin Avdelning av Pediatrik fokuserar på den vård- neurotoxicogenomicsen och barnet.
Srinivasa Nagalla, M.D., förbunden professor av pediatrik, och utvecklings- biologi för cell och, OHSU Skolar av Medicin, ledde den initiala bioinformaticsforskningen som stöttade NaturMetodpublikationen.
”Gå i flisor genen är en rotation i teknologi, som hoppas snabbt till för- överenskommelse av biologisk mekanism och metoder för att bedöma handlingarna och verkställer av droger och kemikalieer,” sade Spenceren, som bedömningar där är ”hundreds, om inte tusentals” av laboratorium runt om landet genom att använda DNA-microarrays.
Microarrayplattformar kom in i utbrett bruk omkring fem år sedan. Banbrytarear i sätta in konstruerade deras egna gen gå i flisor, men dessa har nu bytts ut av mycket pålitligare reklamfilmplattformar som frambringar högt reproducible data. En av dessa används av CROET och another vid OHSUS den Västra lättheten för resursen för Universitetsområdemicroarrayen.
”Är Det det möjlighetköp per roboten som ska tar något kopierar av RNA på ett litet klämmer fast och skriver därefter att på en glass glidbana upprepande, tills en kan hundratusentals olika fläckar för uppbyggnad på denna glass samling,”, sade Spencer.